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- PDB-3kxf: Crystal Structure of SB27 TCR in complex with the 'restriction tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kxf
タイトルCrystal Structure of SB27 TCR in complex with the 'restriction triad' mutant HLA-B*3508-13mer
要素
  • (SB27 T cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
  • peptide from Trans-activator protein BZLF1
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / HLA / TCR / Disulfide bond / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / alpha-beta T cell activation / TAP binding / Generation of second messenger molecules / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / PD-1 signaling / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / Downstream TCR signaling / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / learning or memory / protein dimerization activity / immune response / Amyloid fiber formation / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response
類似検索 - 分子機能
Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / : / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / T cell receptor beta constant 2 / T cell receptor alpha chain constant / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Lytic switch protein BZLF1 / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Archbold, J.K. / Tynan, F.E. / Gras, S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Hard wiring of T cell receptor specificity for the major histocompatibility complex is underpinned by TCR adaptability
著者: Burrows, S.R. / Chen, Z. / Archbold, J.K. / Tynan, F.E. / Beddoe, T. / Kjer-Nielsen, L. / Miles, J.J. / Khanna, R. / Moss, D.J. / Liu, Y.C. / Gras, S. / Kostenko, L. / Brennan, R.M. / ...著者: Burrows, S.R. / Chen, Z. / Archbold, J.K. / Tynan, F.E. / Beddoe, T. / Kjer-Nielsen, L. / Miles, J.J. / Khanna, R. / Moss, D.J. / Liu, Y.C. / Gras, S. / Kostenko, L. / Brennan, R.M. / Clements, C.S. / Brooks, A.G. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2009年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月26日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
D: SB27 T cell receptor alpha chain
E: SB27 T cell receptor beta chain
F: Beta-2-microglobulin
G: SB27 T cell receptor alpha chain
H: SB27 T cell receptor beta chain
K: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
N: SB27 T cell receptor alpha chain
P: SB27 T cell receptor beta chain
Q: peptide from Trans-activator protein BZLF1
R: peptide from Trans-activator protein BZLF1
T: peptide from Trans-activator protein BZLF1
I: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
J: Beta-2-microglobulin
M: SB27 T cell receptor alpha chain
O: SB27 T cell receptor beta chain
S: peptide from Trans-activator protein BZLF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)384,87244
ポリマ－381,82720
非ポリマー3,04624
水73941
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
D: SB27 T cell receptor alpha chain
E: SB27 T cell receptor beta chain
Q: peptide from Trans-activator protein BZLF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,34512
ポリマ－95,4575
非ポリマー8887
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
F: Beta-2-microglobulin
G: SB27 T cell receptor alpha chain
H: SB27 T cell receptor beta chain
R: peptide from Trans-activator protein BZLF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,34512
ポリマ－95,4575
非ポリマー8887
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
N: SB27 T cell receptor alpha chain
P: SB27 T cell receptor beta chain
T: peptide from Trans-activator protein BZLF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,09110
ポリマ－95,4575
非ポリマー6355
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
J: Beta-2-microglobulin
M: SB27 T cell receptor alpha chain
O: SB27 T cell receptor beta chain
S: peptide from Trans-activator protein BZLF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,09110
ポリマ－95,4575
非ポリマー6355
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.690, 207.077, 123.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21K
12G
22N
13O
23E
14A
24I
15M
25D
16H
26P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114C1 - 276
2114K1 - 276
1124G3 - 204
2124N3 - 204
1134O3 - 90
2134E3 - 90
1232O91 - 105
2232E91 - 105
1334O120 - 240
2334E120 - 240
1144A1 - 276
2144I1 - 276
1154M3 - 204
2154D3 - 204
1164H3 - 240
2164P3 - 240

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACKIBFLJ

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain / MHC class I antigen B*35


分子量: 31840.152 Da / 分子数: 4 / 断片: residues in UNP 25-300 / 変異: Q65A, T69A, Q155A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30685, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769

-
SB27 T cell receptor ... , 2種, 8分子 DGNMEHPO

#3: タンパク質
SB27 T cell receptor alpha chain


分子量: 23251.533 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#4: タンパク質
SB27 T cell receptor beta chain


分子量: 27190.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A5B9*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 QRTS

#5: タンパク質・ペプチド
peptide from Trans-activator protein BZLF1 / EB1 / Protein zebra


分子量: 1426.612 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide of naturally occurring viral peptide
参照: UniProt: P03206

-
非ポリマー , 2種, 65分子

#6: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE 156TH IN CHAIN A,C,K,I IS VARIANT, B*3508. THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D,G,N,M ...THE 156TH IN CHAIN A,C,K,I IS VARIANT, B*3508. THE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN D,G,N,M AND CHAIN E,H,P,O DO NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 % / 解説: The file contains Friedel pairs.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: 0.1M cacodlyate, 0.2M potassium iodide, 18% polyethylene glycol 3350, pH 6.7, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2
検出器日付: 2009年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→80 Å / Num. obs: 71533 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 4.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.785 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 52.171 / SU ML: 0.463 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.582 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The file contains friedel pairs.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 3612 5.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.217 67602 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.8 Å2 / Biso mean: 24.944 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å2-0.14 Å2
2--2.24 Å20 Å2
3----2.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26910 0 24 41 26975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02227677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0221.93537658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75853318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53923.8961458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.133154405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.15615209
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.23939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0221825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.211342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.218093
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2938
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.619316757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.198526986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62712230
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7141010669
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1C2246MEDIUM POSITIONAL0.580.5
1C2246MEDIUM THERMAL0.252
2G1616MEDIUM POSITIONAL0.620.5
2G1616MEDIUM THERMAL0.262
3O60TIGHT POSITIONAL0.030.05
3O1723MEDIUM POSITIONAL0.450.5
3O60TIGHT THERMAL0.040.5
3O1723MEDIUM THERMAL0.292
4A2238MEDIUM POSITIONAL0.510.5
4A2238MEDIUM THERMAL0.242
5M1619MEDIUM POSITIONAL0.650.5
5M1619MEDIUM THERMAL0.232
6H1885MEDIUM POSITIONAL0.50.5
6H1885MEDIUM THERMAL0.32
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 283 -
Rwork0.273 4966 -
all-5249 -
obs--99.83 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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