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- PDB-3kwl: Crystal structure of a hypothetical protein from Helicobacter pylori -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kwl | ||||||
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Title | Crystal structure of a hypothetical protein from Helicobacter pylori | ||||||
![]() | uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / putative oxidoreductase / multidomain | ||||||
Function / homology | ![]() Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 - #20 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #140 / Rossmann fold - #11810 / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Beta-grasp domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold ...Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 - #20 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #140 / Rossmann fold - #11810 / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Beta-grasp domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lam, R. / Thompson, C.M. / Vodsedalek, J. / Lam, K. / Romanov, V. / Battaile, K.P. / Beletskaya, I. / Gordon, E. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a hypothetical protein from Helicobacter pylori Authors: Lam, R. / Thompson, C.M. / Vodsedalek, J. / Lam, K. / Romanov, V. / Battaile, K.P. / Beletskaya, I. / Gordon, E. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 117.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 93 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 418 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 419.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The protein is monomeric with one molecule in the asymmetric unit. |
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Components
#1: Protein | Mass: 60115.242 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 22% PEG3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Oct 29, 2008 / Details: Si(111) double-crystal monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9796 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→50 Å / Num. obs: 39957 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.288 / Net I/σ(I): 10.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 39922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 51.72 Å2 / Biso mean: 22.662 Å2 / Biso min: 9.53 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.94→30.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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