PDB-3kvx: JNK3 bound to aminopyrimidine inhibitor, SR-3562

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kvx

タイトル

JNK3 bound to aminopyrimidine inhibitor, SR-3562

要素

Mitogen-activated protein kinase 10

キーワード

TRANSFERASE / JNK3 / MAPK10 / inhibitor / ATP-binding / Epilepsy / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

JUN kinase activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / MAP kinase kinase activity / response to light stimulus / mitogen-activated protein kinase / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Habel, J.E. / Laughlin, J.D. / LoGrasso, P.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Synthesis, Biological Evaluation, X-ray Structure, and Pharmacokinetics of Aminopyrimidine c-jun-N-terminal Kinase (JNK) Inhibitors
著者: Kamenecka, T. / Jiang, R. / Song, X. / Duckett, D. / Chen, W. / Ling, Y.Y. / Habel, J. / Laughlin, J.D. / Chambers, J. / Figuera-Losada, M. / Cameron, M.D. / Lin, L. / Ruiz, C.H. / Lograsso, P.V.

履歴

登録	2009年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kvx.cif.gz	83.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kvx.ent.gz	61 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kvx_validation.pdf.gz	747.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kvx_full_validation.pdf.gz	756.4 KB	表示
XML形式データ	3kvx_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	3kvx_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/3kvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/3kvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fi3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dwh-2 2o2u-d 3e7o-3 1uki-d 6tru-1 5umu-2 3npc-2 4hz9-d 2xrw-d 4yxa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase 10

ヘテロ分子

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.362, 125.642, 68.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase 10 / Stress-activated protein kinase JNK3 / c-Jun N-terminal kinase 3 / MAP kinase p49 3F12 分子量: 42191.832 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 39-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK10, JNK3, JNK3A, PRKM10 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53779, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-FMY / N-[(2Z)-4-(3-fluoro-5-morpholin-4-ylphenyl)pyrimidin-2(1H)-ylidene]-4-(3-morpholin-4-yl-1H-1,2,4-triazol-1-yl)aniline 分子量: 502.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₇FN₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 10MG/ML JNK3 MIXED WITH 1MM AMP-PCP, 2MM MGCL2, 0.4MM ZWITTERGENT 3-14, AND 10% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTALS GROWN IN 0.2M NACL, 0.1M BIS-TRIS, 28-31% PEG 3350, PH 5.5. Ligand soaked in to ...詳細: 10MG/ML JNK3 MIXED WITH 1MM AMP-PCP, 2MM MGCL2, 0.4MM ZWITTERGENT 3-14, AND 10% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTALS GROWN IN 0.2M NACL, 0.1M BIS-TRIS, 28-31% PEG 3350, PH 5.5. Ligand soaked in to crystals., microbatch, temperature 293.0K

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.92 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 10MG/ML JNK3 MIXED WITH 1MM AMP-PCP, 2MM MGCL2, 0.4MM ZWITTERGENT 3-14, AND 10% ETHYLENE GLYCOL. CRYSTALS GROWN IN 0.2M NACL, 0.1M BIS-TRIS, 28-31% PEG 3350, PH 5.5. Ligand soaked in to ...

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→68.29 Å / Num. obs: 13329 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.062

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3FI3

3fi3

解像度: 2.4→23.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 20.828 / SU ML: 0.228 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26933	708	5 %	RANDOM
R_work	0.21957	-	-	-
obs	0.22205	13142	98.6 %	-
all	-	13329	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.973 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.79 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.291 Å	0.507 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→23.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2531	0	37	27	2595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.107	1.984	3587
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.884	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.783	23.925	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.682	15	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.342	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.021	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.21	1.5	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.134	2	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.347	3	984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.788	4.5	948
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.395→2.457 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	57	-
R_work	0.322	858	-
obs	-	-	87.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4226	-3.2793	4.6491	3.9417	-0.1523	9.7266	0.1042	-0.2554	1.051	-0.0032	-0.2907	-0.1663	-0.4255	-0.1057	0.1865	0.249	-0.002	0.097	0.1986	-0.0766	0.2986	-28.408	52.178	15.855
2	3.5005	-2.4876	-1.4403	13.4066	3.8498	7.2524	0.0642	-0.063	0.1681	0.125	-0.623	1.0853	0.7641	-0.69	0.5588	0.282	-0.081	0.0896	0.2883	-0.1035	0.4151	-35.084	44.002	13.159
3	11.2934	-1.6297	-4.2912	1.7494	0.1862	2.9999	-0.5464	-0.6957	-0.2557	0.0624	0.1949	-0.4065	0.5923	0.5596	0.3515	0.3498	0.0501	0.0231	0.3823	-0.0221	0.3904	-15.675	43.275	10.631
4	11.1047	7.0595	7.407	5.3071	4.8521	18.1695	0.3043	0.3674	-0.1835	-0.1351	0.0029	0.1352	1.0122	-0.4106	-0.3072	0.4764	0.0173	0.0326	0.3031	-0.0766	0.4753	-17.999	39.194	-0.481
5	5.8427	-8.4874	3.2339	12.7626	-4.615	1.8186	0.5198	0.2693	-0.2185	-1.2971	-0.4622	0.5815	0.2272	0.1352	-0.0576	0.8513	0.0637	-0.1957	0.3335	-0.083	0.3403	-29.831	34.648	-1.438
6	12.2958	5.4424	-0.0474	8.2845	1.1124	3.823	0.1607	-0.0581	0.5624	-0.0646	0.0947	-0.1652	-0.2317	0.1126	-0.2553	0.2517	0.0325	0.0314	0.1989	-0.041	0.2753	-22.087	50.491	8.231
7	3.4418	0.5691	1.7144	11.3271	0.6405	3.5285	-0.1092	-0.2417	0.0993	1.3173	0.1846	0.5567	0.1741	-0.0259	-0.0754	0.3102	0.0103	0.1158	0.3015	-0.0138	0.2479	-34.971	19.929	11.458
8	6.4447	-0.5201	-1.1936	4.5579	1.3656	3.2109	-0.0094	0.0444	0.4497	-0.0173	0.1919	0.0052	-0.235	0.1947	-0.1825	0.2811	-0.0334	-0.0339	0.2257	-0.0347	0.2885	-26.402	25.034	1.43
9	2.2478	-3.0356	-0.9683	4.6837	1.4518	3.4382	-0.1966	-0.408	0.3373	0.4257	0.5262	-0.4636	0.1247	0.703	-0.3296	0.3244	0.021	-0.0914	0.4269	-0.1038	0.2314	-18.948	20.537	6.743
10	12.5471	-0.3859	-2.8455	6.6129	0.5025	1.4982	-0.6612	-0.8902	-0.3305	0.8477	0.6089	-0.9603	0.4114	0.6321	0.0523	0.4429	0.2589	-0.3228	0.7181	-0.0444	0.3982	-8.954	10.927	11.083
11	2.8144	4.7545	1.4819	8.479	0.4442	13.2513	0.9469	0.0655	-1.0987	1.8148	-0.3458	-1.7097	0.7657	3.2643	-0.6011	1.0238	0.4759	-0.3894	1.4464	0.2265	0.956	-4.597	6.356	10.878
12	5.8526	1.1023	3.2547	7.6778	2.5917	3.5858	-0.2808	-0.6762	-0.8499	1.5175	0.237	1.3631	1.2909	0.3244	0.0438	1.2618	0.6247	0.5181	0.6137	0.3885	0.7241	-30.042	4.555	6.133
13	7.6923	-1.4973	-0.5581	4.2102	-0.2043	2.5757	-0.1868	0.3547	-0.2562	-0.2076	0.1244	0.1773	0.1845	0.3695	0.0624	0.2883	-0.0045	-0.061	0.2038	-0.0464	0.1887	-27.166	13.206	-4.773
14	17.0178	-1.9992	-4.0917	5.1278	-0.3716	4.2507	-0.4382	1.0452	0.073	-0.2313	0.2949	-0.1966	-0.3622	-0.0553	0.1433	0.306	-0.0561	0.0784	0.3105	-0.0195	0.3615	-11.226	48.914	0.835

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	106 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	119 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	128 - 148
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	149 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	167 - 200
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	201 - 261
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	262 - 291
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	292 - 309
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	310 - 343
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	344 - 363
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	383 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)