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万見
- PDB-3kve: Structure of native L-amino acid oxidase from Vipera ammodytes am... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kve
タイトルStructure of native L-amino acid oxidase from Vipera ammodytes ammodytes: stabilization of the quaternary structure by divalent ions and structural changes in the dynamic active site
要素L-amino acid oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / LAAO / snake venom / Vipera ammodytes ammodytes
機能・相同性
機能・相同性情報


L-amino-acid oxidase / L-amino-acid oxidase activity / amino acid catabolic process / toxin activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / apoptotic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vipera ammodytes ammodytes (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Gergiova, D. / Murakami, M.T. / Perbandt, M. / Arni, R.K. / Betzel, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of native L-amino acid oxidase from Vipera ammodytes ammodytes: stabilization of the quaternary structure by divalent ions and structural changes in the dynamic active site
著者: Gergiova, D. / Murakami, M.T. / Perbandt, M. / Arni, R.K. / Betzel, C.
履歴
登録2009年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-amino acid oxidase
B: L-amino acid oxidase
C: L-amino acid oxidase
D: L-amino acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,31216
ポリマ－220,0234
非ポリマー4,28912
水9,980554
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18130 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area67790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.978, 95.839, 108.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-495-

HOH

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要素

#1: タンパク質
L-amino acid oxidase


分子量: 55005.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vipera ammodytes ammodytes (ヘビ) / 参照: UniProt: P0DI84*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→27.4 Å / Num. all: 63563 / Num. obs: 62717 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Num. unique all: 4853 / % possible all: 74.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1F8R

1f8r


解像度: 2.57→27.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 22.231 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27609 3212 5.1 %RANDOM
Rwork0.19105 ---
obs0.19537 60346 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20.11 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→27.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15456 0 272 554 16282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02216119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5231.9721831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.47451934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.4123.874777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.38152730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.40815108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.22309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.28897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.210951
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1640.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5731.59795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.018215510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46737293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3954.56320
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 197 -
Rwork0.238 3624 -
obs--80.27 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.5768 Å / Origin y: -16.0397 Å / Origin z: 27.1996 Å
111213212223313233
T0.002 Å20.0028 Å2-0.0006 Å2--0.0348 Å2-0.001 Å2---0.0218 Å2
L0.1216 °20.0055 °2-0.0027 °2-0.0676 °2-0.0091 °2--0.0855 °2
S-0.0038 Å °-0.0024 Å °-0.0042 Å °-0.0043 Å °0.0034 Å °-0.0037 Å °0.0013 Å °0.0023 Å °0.0004 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 486
2X-RAY DIFFRACTION1B3 - 486
3X-RAY DIFFRACTION1C3 - 486
4X-RAY DIFFRACTION1D3 - 486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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