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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kty | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Probable Methyltransferase from Bordetella pertussis Tohama I | ||||||
![]() | Probable methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / alpha-beta-alpha sandwich / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Tesar, C. / Keigher, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Probable Methyltransferase SpoU from Bordetella pertussis Tohama I 著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Keigher, L. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 176.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18665.768 Da / 分子数: 3 / 断片: target domain 1 - 170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES pH7.5, 25 % w/v Polyehtlyene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→43.52 Å / Num. all: 22535 / Num. obs: 22535 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 43.52 Å2 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1130 / Rsym value: 0.623 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.368 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.302→43.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain C |