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万見
- PDB-3ks9: Metabotropic glutamate receptor mGluR1 complexed with LY341495 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ks9
タイトルMetabotropic glutamate receptor mGluR1 complexed with LY341495 antagonist
要素Metabotropic glutamate receptor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Glutamate Receptors / mGluR1 / Dimerization / Glutamic Acid Binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Cell membrane / G-protein coupled receptor / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / Transducer / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor dimeric complex / G protein-coupled receptor homodimeric complex / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / synaptic signaling via neuropeptide / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to electrical stimulus / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / regulation of sensory perception of pain ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor dimeric complex / G protein-coupled receptor homodimeric complex / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / synaptic signaling via neuropeptide / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to electrical stimulus / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / regulation of sensory perception of pain / L-glutamate import across plasma membrane / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / sensory perception of pain / locomotory behavior / postsynaptic density membrane / G protein-coupled receptor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / dendrite / glutamatergic synapse / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 1 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 1 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Z99 / Metabotropic glutamate receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dobrovetsky, E. / Khutoreskaya, G. / Seitova, A. / Cossar, D. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Metabotropic glutamate receptor mglur1 complexed with LY341495 antagonist
著者: Dobrovetsky, E. / Khutoreskaya, G. / Seitova, A. / Cossar, D. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A.
履歴
登録2009年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 1
B: Metabotropic glutamate receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5768
ポリマ－111,3782
非ポリマー1,1986
水11,728651
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Metabotropic glutamate receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5095
ポリマ－55,6891
非ポリマー8204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Metabotropic glutamate receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0673
ポリマ－55,6891
非ポリマー3782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.230, 96.546, 97.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 1 / mGluR1


分子量: 55689.145 Da / 分子数: 2 / 変異: C254S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPRC1A, GRM1, MGLUR1 / プラスミド: pFHMSP-LIC-C / 発現宿主: BACULOVIRUS (ウイルス) / 株 (発現宿主): Sf9 insect cells / 参照: UniProt: Q13255
#2: 化合物 ChemComp-Z99 / 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine / (1S,2S)-2-[(2S)-2-amino-1-hydroxy-1-oxo-3-(9H-xanthen-9-yl)propan-2-yl]cyclopropane-1-carboxylic acid / LY-491395


分子量: 353.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19NO5 / コメント: 抗うつ薬, アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M KSCN, protein at 5mg/mL plus 2mM LY341495. Cryoprotectant used 0.9V well solution plus 0.1V 80% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→93.44 Å / Num. obs: 109274 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.405 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.933.50.55951321.166193.2
1.93-1.973.50.46952801.124196.1
1.97-2.013.60.41253511.156198.1
2.01-2.053.60.34854781.164199.3
2.05-2.093.70.29654391.205199.4
2.09-2.143.80.25554871.234199.4
2.14-2.193.80.23254431.23199.4
2.19-2.253.80.19654881.328199.6
2.25-2.323.80.17354991.274199.7
2.32-2.393.80.1554841.32199.8
2.39-2.483.80.13554751.279199.7
2.48-2.583.80.11754711.306199.9
2.58-2.73.80.09854861.328199.9
2.7-2.843.80.08755341.398199.9
2.84-3.023.70.07555161.6371100
3.02-3.253.70.06755162.015199.9
3.25-3.583.70.05855242.29199.9
3.58-4.093.70.04455261.909199.9
4.09-5.153.60.03355641.372199.9
5.15-403.70.03255811.268198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ewk

1ewk


解像度: 1.9→93.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.805 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 5456 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.207 109265 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.49 Å2 / Biso mean: 37.873 Å2 / Biso min: 16.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.03 Å20 Å20.94 Å2
2---2.5 Å20 Å2
3----1.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→93.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6916 0 82 651 7649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9599843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4395896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4423.952334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.722151189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4571545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7241.54442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36627132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01332809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2274.52705
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 397 -
Rwork0.315 7133 -
all-7530 -
obs--92.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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