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- PDB-3krx: Human GRK2 in complex with Gbetgamma subunits and balanol (co-crystal) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3krx | ||||||
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Title | Human GRK2 in complex with Gbetgamma subunits and balanol (co-crystal) | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tesmer, J.J.G. / Tesmer, V.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of human g protein-coupled receptor kinase 2 in complex with the kinase inhibitor balanol. Authors: Tesmer, J.J. / Tesmer, V.M. / Lodowski, D.T. / Steinhagen, H. / Huber, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 299 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 546.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 557 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 37.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3cikSC ![]() 3krwC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | ![]() Mass: 79561.445 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P25098, ![]() |
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-Guanine nucleotide-binding protein ... , 2 types, 2 molecules BG
#2: Protein | Mass: 37416.930 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: Protein | Mass: 8406.658 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 5 molecules 




#4: Chemical | ChemComp-BA1 / ![]() |
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#5: Chemical | ChemComp-MG / |
#6: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.96 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K Details: Well contained 100 mM MES, pH 6.0, 200 mM NaCl, 9% PEG 3350. Drops were 1 uL protein, 1 uL well, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 150 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 300 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 8, 2008 / Details: BERYLLIUM MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DIAMOND [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3.1→25 Å / Num. obs: 26894 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 77 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.2 Å / Redundancy: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.694 / % possible all: 98.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 3CIK Resolution: 3.1→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 62.929 / SU ML: 0.467 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.485 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 130.16 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.49 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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