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- PDB-3kr3: Crystal structure of IGF-II antibody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kr3
タイトルCrystal structure of IGF-II antibody complex
要素
  • Insulin-like growth factor II
  • antibody-Fab (heavy chain)
  • antibody-Fab (light chain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody-target complex / Carbohydrate metabolism / Glucose metabolism / Glycoprotein / Growth factor / Hormone / Mitogen / Osteogenesis / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


spongiotrophoblast cell proliferation / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / embryonic placenta morphogenesis / regulation of muscle cell differentiation / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / genomic imprinting / positive regulation of organ growth / exocrine pancreas development ...spongiotrophoblast cell proliferation / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / embryonic placenta morphogenesis / regulation of muscle cell differentiation / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / genomic imprinting / positive regulation of organ growth / exocrine pancreas development / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of cell division / positive regulation of glycogen biosynthetic process / embryonic placenta development / SHC-related events triggered by IGF1R / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / striated muscle cell differentiation / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of mitotic nuclear division / protein serine/threonine kinase activator activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / animal organ morphogenesis / insulin receptor binding / growth factor activity / hormone activity / osteoblast differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / glucose metabolic process / integrin binding / Platelet degranulation / insulin receptor signaling pathway / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor II E-peptide, C-terminal / Insulin-like growth factor II / Insulin-like growth factor II E-peptide / Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. ...Insulin-like growth factor II E-peptide, C-terminal / Insulin-like growth factor II / Insulin-like growth factor II E-peptide / Insulin-like, subunit E / Insulin-like / Insulin-like growth factor / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor II
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Peat, T.S. / Newman, J. / Adams, T.E.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2010
タイトル: A human monoclonal antibody against insulin-like growth factor-II blocks the growth of human hepatocellular carcinoma cell lines in vitro and in vivo.
著者: Dransfield, D.T. / Cohen, E.H. / Chang, Q. / Sparrow, L.G. / Bentley, J.D. / Dolezal, O. / Xiao, X. / Peat, T.S. / Newman, J. / Pilling, P.A. / Phan, T. / Priebe, I. / Brierley, G.V. / ...著者: Dransfield, D.T. / Cohen, E.H. / Chang, Q. / Sparrow, L.G. / Bentley, J.D. / Dolezal, O. / Xiao, X. / Peat, T.S. / Newman, J. / Pilling, P.A. / Phan, T. / Priebe, I. / Brierley, G.V. / Kastrapeli, N. / Kopacz, K. / Martik, D. / Wassaf, D. / Rank, D. / Conley, G. / Huang, Y. / Adams, T.E. / Cosgrove, L.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Insulin-like growth factor II
H: antibody-Fab (heavy chain)
L: antibody-Fab (light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8987
ポリマ－57,6503
非ポリマー2484
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.667, 106.921, 110.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor II / IGF-II / Somatomedin-A


分子量: 7484.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF-II, IGF2, PP1446 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01344
#2: 抗体 antibody-Fab (heavy chain)


分子量: 26615.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 antibody-Fab (light chain)


分子量: 23550.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.3
詳細: 18.5% PEG 6000, 118mM CaCl2, 10% (v/v) PCB buffer (propionate-cacodylate-bis-tris propane buffer), pH 5.3, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95363 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95363 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.4 Å / Num. all: 31276 / Num. obs: 26600 / % possible obs: 89.6 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Num. unique all: 1934 / % possible all: 90.78

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→37.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 5.886 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1421 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 26600 89.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.24 Å2 / Biso mean: 26.389 Å2 / Biso min: 5.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å20 Å20 Å2
2---1.29 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3732 0 16 194 3942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.9555308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1175506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.86724.151159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.97715633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7331521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22651
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9581.52532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65524014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43331565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4614.51287
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 104 -
Rwork0.234 1934 -
all-2038 -
obs--90.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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