PDB-3kqs: Crystal Structure of hPNMT in Complex AdoHcy and 2-Aminobenzimidazole

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kqs

タイトル

Crystal Structure of hPNMT in Complex AdoHcy and 2-Aminobenzimidazole

要素

Phenylethanolamine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / fragment screening / Catecholamine biosynthesis / S-adenosyl-L-methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.005 Å

データ登録者

Drinkwater, N. / Martin, J.L.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: Fragment-based screening by X-ray crystallography, MS and isothermal titration calorimetry to identify PNMT (phenylethanolamine N-methyltransferase) inhibitors.
著者: Drinkwater, N. / Vu, H. / Lovell, K.M. / Criscione, K.R. / Collins, B.M. / Prisinzano, T.E. / Poulsen, S.A. / McLeish, M.J. / Grunewald, G.L. / Martin, J.L.

履歴

登録	2009年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kqs.cif.gz	235.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kqs.ent.gz	189 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/3kqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/3kqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kpjC 3kpuC 3kpvC 3kpwC 3kpyC 3kqmC 3kqoC 3kqpC 3kqqC 3kqtC 3kqvC 3kqwC 3kqyC 3kr0C 3kr1C 3kr2C 1hnnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2onz-d 3kqt-d 3hcc-d 3kqy-d 2opb-d 3kqp-d 3kpy-d 3kqq-d 3kr2-d 4mik-d 2g70-d 4dm3-d 2an5-d 3kqm-d 3kqw-d 2an4-d 2an3-d 2ony-d 2g71-d 3kr1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethanolamine N-methyltransferase

B: Phenylethanolamine N-methyltransferase

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.653, 94.653, 189.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Phenylethanolamine N-methyltransferase / PNMTase / Noradrenaline N-methyltransferase 分子量: 31845.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNMT, PENT / プラスミド: pET17 PNMT-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-AX7 / 1H-benzimidazol-2-amine / 2-アミノベンゾイミダゾ-ル分子量: 133.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇N₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG6K, LiCl, cacodylate, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.95667 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95667 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 58278 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 0.929 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	6.3	0.655	5657	0.457	98.5
2.07-2.15	7.8	0.502	5762	0.502	99.8
2.15-2.25	9	0.399	5735	0.522	100
2.25-2.37	9.6	0.304	5784	0.554	100
2.37-2.52	9.7	0.221	5764	0.583	100
2.52-2.71	9.7	0.148	5797	0.684	100
2.71-2.99	9.6	0.098	5820	0.864	100
2.99-3.42	9.4	0.069	5863	1.272	100
3.42-4.31	8.8	0.051	5976	2.009	100
4.31-50	7.8	0.035	6120	1.744	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MIFit		位相決定

精密化

開始モデル: PDB entry 1HNN

1hnn

解像度: 2.005→19.319 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.85 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	2980	5.12 %	Random
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	58191	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.328 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.05 Å² / B_iso mean: 39.535 Å² / B_iso min: 19.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.26 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.005→19.319 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4099	0	72	362	4533

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	5833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	620
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.659	1581

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.005-2.037	0.288	124	0.251	2463	2587	94
2.037-2.073	0.27	155	0.238	2554	2709	99
2.073-2.11	0.261	127	0.224	2585	2712	100
2.11-2.151	0.242	142	0.198	2629	2771	100
2.151-2.195	0.244	148	0.198	2571	2719	100
2.195-2.242	0.231	137	0.192	2588	2725	100
2.242-2.294	0.196	144	0.184	2609	2753	100
2.294-2.352	0.222	133	0.19	2625	2758	100
2.352-2.415	0.236	154	0.189	2590	2744	100
2.415-2.486	0.232	128	0.197	2633	2761	100
2.486-2.566	0.241	150	0.19	2620	2770	100
2.566-2.658	0.199	132	0.193	2594	2726	100
2.658-2.764	0.244	146	0.198	2619	2765	100
2.764-2.889	0.272	129	0.201	2647	2776	100
2.889-3.041	0.242	124	0.206	2669	2793	100
3.041-3.23	0.247	150	0.212	2606	2756	100
3.23-3.479	0.226	145	0.203	2671	2816	100
3.479-3.826	0.187	158	0.179	2663	2821	100
3.826-4.374	0.205	158	0.16	2675	2833	100
4.374-5.49	0.163	143	0.149	2732	2875	100
5.49-19.32	0.176	153	0.169	2868	3021	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.1862 Å / Origin y: 51.3046 Å / Origin z: -6.1022 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2285 Å²	-0.0167 Å²	-0.009 Å²	-	0.1234 Å²	0.0378 Å²	-	-	0.2427 Å²
L	0.4688 °²	-0.0365 °²	0.0049 °²	-	0.3745 °²	-0.3731 °²	-	-	1.0766 °²
S	-0.051 Å °	0.007 Å °	0.091 Å °	0.0652 Å °	0.0019 Å °	0.0018 Å °	-0.1256 Å °	0.0642 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	24 - 280
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	14 - 281
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A - B	2001 - 2002
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A - B	1 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2004 - 2417

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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