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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kpy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of hPNMT in Complex AdoHcy and 6-Chlorooxindole | ||||||
![]() | Phenylethanolamine N-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / fragment screening / Catecholamine biosynthesis / S-adenosyl-L-methionine | ||||||
機能・相同性 | ![]() phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Drinkwater, N. / Martin, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fragment-based screening by X-ray crystallography, MS and isothermal titration calorimetry to identify PNMT (phenylethanolamine N-methyltransferase) inhibitors. 著者: Drinkwater, N. / Vu, H. / Lovell, K.M. / Criscione, K.R. / Collins, B.M. / Prisinzano, T.E. / Poulsen, S.A. / McLeish, M.J. / Grunewald, G.L. / Martin, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 185.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 939.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 950.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3kpjC ![]() 3kpuC ![]() 3kpvC ![]() 3kpwC ![]() 3kqmC ![]() 3kqoC ![]() 3kqpC ![]() 3kqqC ![]() 3kqsC ![]() 3kqtC ![]() 3kqvC ![]() 3kqwC ![]() 3kqyC ![]() 3kr0C ![]() 3kr1C ![]() 3kr2C ![]() 1hnnS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31845.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG6K, LiCl, cacodylate, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: OSMIC VARI-MAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→45.56 Å / Num. obs: 30511 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 4.91 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.6 / Scaling rejects: 1134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB entry 1HNN 解像度: 2.4→45.563 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.785 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.791 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.55 Å2 / Biso mean: 42.447 Å2 / Biso min: 18.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.563 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.0715 Å / Origin y: 51.1323 Å / Origin z: -5.8487 Å
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精密化 TLSグループ |
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