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- PDB-3kpe: Solution structure of the respiratory syncytial virus (RSV)six-he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kpe
タイトルSolution structure of the respiratory syncytial virus (RSV)six-helix bundle complexed with TMC353121, a small-moleucule inhibitor of RSV
要素(Fusion glycoprotein F0) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / FUSION PROTEIN / peptide-small-molecule complex / alpha helix / coiled-coil / Envelope protein / Glycoprotein / Host cell membrane / Host membrane / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transmembrane / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / host cell Golgi membrane / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / host cell Golgi membrane / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TM3 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Roymans, D. / De Bondt, H. / Arnoult, E. / Cummings, M.D. / Van Vlijmen, H. / Andries, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Binding of a potent small-molecule inhibitor of six-helix bundle formation requires interactions with both heptad-repeats of the RSV fusion protein.
著者: Roymans, D. / De Bondt, H.L. / Arnoult, E. / Geluykens, P. / Gevers, T. / Van Ginderen, M. / Verheyen, N. / Kim, H. / Willebrords, R. / Bonfanti, J.F. / Bruinzeel, W. / Cummings, M.D. / van ...著者: Roymans, D. / De Bondt, H.L. / Arnoult, E. / Geluykens, P. / Gevers, T. / Van Ginderen, M. / Verheyen, N. / Kim, H. / Willebrords, R. / Bonfanti, J.F. / Bruinzeel, W. / Cummings, M.D. / van Vlijmen, H. / Andries, K.
履歴
登録2009年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6604
ポリマ－9,9072
非ポリマー7532
水66737
1
A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

A: Fusion glycoprotein F0
B: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,98112
ポリマ－29,7226
非ポリマー2,2596
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area14720 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.248, 63.248, 63.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F / Fusion glycoprotein F2 / Fusion glycoprotein F1


分子量: 5540.497 Da / 分子数: 1 / 断片: proteinase K-resistant core of heptad repeat 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
株: A2 / 参照: UniProt: P03420
#2: タンパク質・ペプチド Fusion glycoprotein F0 / Protein F / Fusion glycoprotein F2 / Fusion glycoprotein F1


分子量: 4366.819 Da / 分子数: 1 / 断片: proteinase K-resistant core of heptad repeat 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human respiratory syncytial virus (ウイルス)
株: A2 / 参照: UniProt: P03420
#3: 化合物 ChemComp-TM3 / 2-[[6-[[[2-(3-hydroxypropyl)-5-methylphenyl]amino]methyl]-2-[[3-(4-morpholinyl)propyl]amino]-1H-benzimidazol-1-yl]methyl]-6-methyl-3-pyridinol / TMC353121


分子量: 558.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H42N6O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% (v/v) PEG-400 + 100 mM HEPES, pH 7.5 + 200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月3日
放射モノクロメーター: single crystal, cilindrically bend, Si(220).
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→19.07 Å / Num. all: 14912 / Num. obs: 14596 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1G2C

1g2c


解像度: 1.47→19.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 0.995 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19638 735 5 %RANDOM
Rwork0.16329 ---
all0.1892 14612 --
obs0.16489 13877 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.481 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→19.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数643 0 54 37 734
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7362.0651002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77331657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.953596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24227.40727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09415134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.328151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2154
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3220.216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2030.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.240.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7821.5597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3041.5179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7722717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1533384
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0434.5278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.489 Å / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 23 -
Rwork0.194 518 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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