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- PDB-3knx: HCV NS3 protease domain with P1-P3 macrocyclic ketoamide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3knx
タイトルHCV NS3 protease domain with P1-P3 macrocyclic ketoamide inhibitor
要素
  • HCV NS3 Protease
  • HCV NS4a peptide
キーワードVIRAL PROTEIN / Hepatitis C Virus / NS3 Protease Domain / serine protease / macrocyclic ketoamide inhibitor / ATP-binding / Envelope protein / Helicase / Hydrolase / Membrane / Nucleotide-binding / RNA replication / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / lipid droplet / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / lipid droplet / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / : / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Hepatitis C virus NS3 protease / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-JZT / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Venkatraman, S. / Velazquez, F. / Wu, W. / Blackman, M. / Chen, K.X. / Bogen, S. / Nair, L. / Tong, X. / Chase, R. / Hart, A. ...Venkatraman, S. / Velazquez, F. / Wu, W. / Blackman, M. / Chen, K.X. / Bogen, S. / Nair, L. / Tong, X. / Chase, R. / Hart, A. / Agrawal, S. / Pichardo, J. / Prongay, A. / Cheng, K.-C. / Girijavallabhan, V. / Piwinski, J. / Shih, N.-Y. / Njoroge, F.G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Discovery and structure-activity relationship of P1-P3 ketoamide derived macrocyclic inhibitors of hepatitis C virus NS3 protease.
著者: Venkatraman, S. / Velazquez, F. / Wu, W. / Blackman, M. / Chen, K.X. / Bogen, S. / Nair, L. / Tong, X. / Chase, R. / Hart, A. / Agrawal, S. / Pichardo, J. / Prongay, A. / Cheng, K.C. / ...著者: Venkatraman, S. / Velazquez, F. / Wu, W. / Blackman, M. / Chen, K.X. / Bogen, S. / Nair, L. / Tong, X. / Chase, R. / Hart, A. / Agrawal, S. / Pichardo, J. / Prongay, A. / Cheng, K.C. / Girijavallabhan, V. / Piwinski, J. / Shih, N.Y. / Njoroge, F.G.
履歴
登録2009年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV NS3 Protease
B: HCV NS4a peptide
C: HCV NS3 Protease
D: HCV NS4a peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1928
ポリマ－47,2554
非ポリマー9384
水2,954164
1
A: HCV NS3 Protease
B: HCV NS4a peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5005
ポリマ－23,6272
非ポリマー8733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
2
C: HCV NS3 Protease
D: HCV NS4a peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6933
ポリマ－23,6272
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area7670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.587, 223.587, 75.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The asymmetric unit contains a dimer of the NS3-NS4a complex. This is only the protease domain of NS3 and a peptide of NS4a. This dimeric structure is the result of the soultion structure of the domain. The full length NS3 contains a 3-domain helicase as well and would not have the same dimeric interfaces.

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HCV NS3 Protease


分子量: 21233.225 Da / 分子数: 2 / 断片: Protease domain, UNP residues 1027-1207 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: T7 epitope (MASMTGGQQMG)followed by HCV NS3 residues 1-181 and the His-tag (SGHHHHHH)
由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1a (C型肝炎ウイルス)
株: H77 Strain of genotype 1a / 遺伝子: NS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ELS8
#2: タンパク質・ペプチド HCV NS4a peptide


分子量: 2394.039 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1678-1696 / Mutation: C28S / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptides were synthesized using Fmoc solid-phase chemistry on an ABI 431 synthesizer (Foster City, CA). Preloaded 2-chlorotrityl chloride resin or Wang resin was used for the solid phase ...詳細: Peptides were synthesized using Fmoc solid-phase chemistry on an ABI 431 synthesizer (Foster City, CA). Preloaded 2-chlorotrityl chloride resin or Wang resin was used for the solid phase assembly of NS4A activator peptide. The sequence of the peptide was Lys-Lys-Gly-Ser-Val-Val-Ile-Val-Gly-Arg-Ile-Ile-Leu-Ser-Gly-Arg-Pro-Ala-Ile-Val-Pro-Lys-Lys-OH. Trifunctional residue sidechain protecting groups included tert-butyl for Ser, tert-butoxycarbonyl for Lys, and 2,2,4,6,7-pentamethyldihydrobenzofuran-5-sulfonyl for Arg. Cleavage and sidechain deprotection was accomplished using 92.5% trifluoroacetic acid, with 2.5% each of water, ethanedithiol and triisopropylsilane for 2 hours. The peptide was purified by reversed phase HPLC. The peptide molecular weight was confirmed by electrospray ionization mass spectrometry.
参照: UniProt: Q9ELS8

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非ポリマー , 4種, 168分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-JZT / (2R)-2-{(3S,13S,16aS,17aR,17bS)-13-[({(1S)-1-[(4,4-dimethyl-2,6-dioxopiperidin-1-yl)methyl]-2,2-dimethylpropyl}carbamoyl)amino]-17,17-dimethyl-1,14-dioxooctadecahydro-2H-cyclopropa[3,4]pyrrolo[1,2-a][1,4]diazacyclohexadecin-3-yl}-2-hydroxy-N-prop-2-en-1-ylethanamide


分子量: 728.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H64N6O7
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Crystallization was performed by the vapor diffusion method using hanging drops (4 L protein solution mixed with 4 L (0.75 - 1.00) M NaCl - 0.1 M MES - 0.1 M Na/K PO4, pH 5.6 - 6.2) suspended ...詳細: Crystallization was performed by the vapor diffusion method using hanging drops (4 L protein solution mixed with 4 L (0.75 - 1.00) M NaCl - 0.1 M MES - 0.1 M Na/K PO4, pH 5.6 - 6.2) suspended over 1 mL reservoir solutions of (1.25 - 1.50) M NaCl - 0.1 M MES - 0.1 M Na/K PO4 - 5 mM -mercaptoethanol, pH 5.6-6.2. The trays were set at 4oC for 5-7 days to control nucleation, followed by incubation for 3 weeks at 12oC to maximize crystal growth. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277, then 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 22223 / Num. obs: 18845 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 1074 / % possible all: 13.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR98.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: HCV NS3(Ser139A)-NS4a peptide

解像度: 2.65→8 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1305 -random
Rwork0.169 ---
obs-13172 9.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 58 164 2946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.948
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.65-2.770.3033280.2994X-RAY DIFFRACTION27110.8
2.77-2.910.3631660.2721X-RAY DIFFRACTION79831.8
2.91-3.080.34441240.2271X-RAY DIFFRACTION143957.8
3.08-3.30.28621730.2081X-RAY DIFFRACTION179070.9
3.3-3.60.25472090.1765X-RAY DIFFRACTION197578.7
3.6-4.060.23692310.155X-RAY DIFFRACTION216085.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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