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万見
- PDB-3kmp: Crystal Structure of SMAD1-MH1/DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kmp
タイトルCrystal Structure of SMAD1-MH1/DNA complex
要素
  • 5'-D(P*AP*TP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3'
  • 5'-D(P*GP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*A)-3'
  • SMAD1-MH1
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / protein-DNA complex / Smad1 / SBE DNA / MH1 domain / beta hairpin / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX2 regulates bone development / mesodermal cell fate commitment / Signaling by BMP / homomeric SMAD protein complex / osteoblast fate commitment / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of cartilage development / DEAD/H-box RNA helicase binding ...RUNX2 regulates bone development / mesodermal cell fate commitment / Signaling by BMP / homomeric SMAD protein complex / osteoblast fate commitment / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / negative regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of cartilage development / DEAD/H-box RNA helicase binding / primary miRNA binding / gamete generation / hindbrain development / SMAD protein signal transduction / embryonic pattern specification / Ub-specific processing proteases / I-SMAD binding / cartilage development / nuclear inner membrane / ureteric bud development / homeostatic process / positive regulation of sprouting angiogenesis / midbrain development / cardiac muscle cell proliferation / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / male germ cell nucleus / stem cell differentiation / bone development / positive regulation of miRNA transcription / osteoblast differentiation / MAPK cascade / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins ...Smad3; Chain A / SMAD MH1 domain / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Mothers against decapentaplegic homolog 1 / MH1 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Baburajendran, N. / Palasingam, P. / Narasimhan, K. / Jauch, R. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structure of Smad1 MH1/DNA complex reveals distinctive rearrangements of BMP and TGF-beta effectors.
著者: BabuRajendran, N. / Palasingam, P. / Narasimhan, K. / Sun, W. / Prabhakar, S. / Jauch, R. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2009年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMAD1-MH1
B: SMAD1-MH1
C: 5'-D(P*AP*TP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3'
D: 5'-D(P*GP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2538
ポリマ－37,9384
非ポリマー3154
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.938, 77.490, 83.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALAchain A resid 11:30AA11 - 303 - 22
21SERSERALAALAchain B and resid 11:30BB11 - 303 - 22
12LYSLYSCYSCYSchain A resid 32:109AA32 - 10924 - 101
22LYSLYSCYSCYSchain B and resid 32:109BB32 - 10924 - 101
13PHEPHEGLUGLUchain A resid 111:131AA111 - 131103 - 123
23PHEPHEGLUGLUchain B and resid 111:131BB111 - 131103 - 123

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SMAD1-MH1


分子量: 14368.723 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 9-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smad1 / プラスミド: pETG60A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8CC31, UniProt: P70340*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-D(P*AP*TP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*AP*TP*A)-3'


分子量: 4577.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*A)-3'


分子量: 4624.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 3350, 10% glycerol, 3% 2-propanol (additive), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 13667 / Num. obs: 13623 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 56.33 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→23.413 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 683 5.01 %RANDOM
Rwork0.206 12940 --
all0.208 13667 --
obs0.208 13623 99.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.245 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 285.28 Å2 / Biso mean: 64.761 Å2 / Biso min: 20.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.724 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.539 Å2-0 Å2
3----3.185 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→23.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2003 617 14 9 2643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3553876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6581103
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A164X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
12B164X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
21A630X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
22B630X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
31A181X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
32B181X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.9080.3931380.27525372675100
2.908-3.20.3081370.24525762713100
3.2-3.6620.3061560.22525422698100
3.662-4.6080.2071210.1842609273099
4.608-23.4140.1861310.1652676280798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5468-1.1374-1.5782.5250.21730.2591-0.3086-0.1348-0.06060.49480.18620.26060.2390.07070.13090.45390.00230.06280.35840.05620.2922-6.1101-9.4663-4.7637
22.68721.2968-0.90090.9739-0.31622.01880.0913-0.30270.49570.0001-0.05260.4205-0.02040.0639-0.01460.30220.01860.05860.2753-0.10590.4423-16.891431.8765-17.0281
34.241.33462.42464.2151.41211.3401-0.2174-0.3059-0.3056-0.40810.3653-0.2543-0.6785-0.2628-0.06150.2774-0.00310.08660.3503-0.07160.2114-13.870513.6852-7.7842
42.1053-0.31011.51453.50941.59233.78510.1797-0.4447-0.5719-0.01250.1555-0.4897-0.4322-0.0561-0.44250.1331-0.0628-0.0040.37360.05970.3029-15.06498.577-8.7586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN AA9 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN BB10 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN CC1 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN DD2 - 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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