PDB-3klq: Crystal Structure of the Minor Pilin FctB from Streptococcus pyog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3klq

タイトル

Crystal Structure of the Minor Pilin FctB from Streptococcus pyogenes 90/306S

要素

Putative pilus anchoring protein

キーワード

CELL ADHESION / CnaB fold / inverse IgG fold / polyproline-II-like helix

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Spy0128-like isopeptide containing domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Putative pilus anchoring protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Linke, C. / Young, P.G. / Bunker, R.D. / Caradoc-Davies, T.T. / Baker, E.N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the minor pilin FctB reveals determinants of Group A streptococcal pilus anchoring
著者: Linke, C. / Young, P.G. / Kang, H.J. / Bunker, R.D. / Middleditch, M.J. / Caradoc-Davies, T.T. / Proft, T. / Baker, E.N.

履歴

登録	2009年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3klq.cif.gz	71.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3klq.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3klq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3klq_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3klq_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	3klq_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	3klq_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3klq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3klq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4pky-2 2ml8-d 2k3p-d 4pky-1 3l1f-1 3p8m-d 4jph-2 6zz5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative pilus anchoring protein

B: Putative pilus anchoring protein

ヘテロ分子

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative pilus anchoring protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative pilus anchoring protein

登録者が定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.192, 95.192, 100.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Putative pilus anchoring protein 分子量: 15466.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: 90/306S / 遺伝子: fctB / プラスミド: pProEx Hta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pRIL / 参照: UniProt: D2KPJ6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M Na-citrate, 0.1M Na-cadoylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→19.555 Å / Num. obs: 40679 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 19.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.9-2	7.6	0.531	1.4	44910	5934	0.531	100
2-2.12	7.6	0.328	2.3	42494	5596	0.328	100
2.12-2.27	7.6	0.206	3.7	40218	5296	0.206	100
2.27-2.45	7.6	0.149	5.2	37276	4893	0.149	100
2.45-2.69	7.6	0.106	7.2	34478	4526	0.106	100
2.69-3	7.6	0.071	10.2	31175	4103	0.071	100
3-3.47	7.5	0.049	13	27349	3625	0.049	100
3.47-4.25	7.4	0.043	14	22573	3031	0.043	100
4.25-6.01	7.4	0.039	14.8	17764	2397	0.039	100
6.01-19.56	7.5	0.039	13.6	9566	1278	0.039	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	data processing
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換 / 解像度: 1.9→19.554 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.03 / σ(F): 1.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	2006	4.93 %
R_work	0.1585	-	-
obs	0.1597	40653	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.364 Å² / k_sol: 0.437 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.11 Å² / B_iso mean: 41.829 Å² / B_iso min: 13.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.668 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.668 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.336 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2030	0	12	231	2273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4328
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.774	7840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	373
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	658
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.225	1141

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9-1.947	0.226	138	0.216	2758	2896
1.947-2	0.199	149	0.184	2748	2897
2-2.059	0.217	132	0.17	2749	2881
2.059-2.125	0.192	153	0.163	2730	2883
2.125-2.201	0.166	135	0.152	2783	2918
2.201-2.289	0.184	157	0.151	2725	2882
2.289-2.393	0.18	157	0.154	2745	2902
2.393-2.519	0.187	145	0.149	2760	2905
2.519-2.677	0.175	145	0.149	2748	2893
2.677-2.883	0.189	129	0.163	2798	2927
2.883-3.172	0.206	150	0.156	2736	2886
3.172-3.628	0.184	154	0.144	2749	2903
3.628-4.561	0.164	130	0.139	2795	2925
4.561-19.555	0.148	132	0.166	2823	2955

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3368	-0.4944	-0.7968	-0.0525	0.0078	3.2055	0.2212	-0.0236	0.2208	0.0265	-0.2062	-0.1501	-0.6074	0.096	-0.0734	0.2682	0.0028	0.0382	0.1289	0.0102	0.2156	9.9955	65.7496	3.0201
2	-0.3628	-0.8796	0.6185	4.587	-2.5041	-1.3139	0.0614	0.0263	0.2054	-0.1318	-0.241	0.4908	-0.1322	-0.0187	0.1654	0.7644	0.0984	0.0134	0.2734	0.004	0.5271	2.3851	86.8409	-6.6587
3	1.9205	-0.8805	0.7677	1.0416	-0.9969	2.6161	0.0026	0.0201	-0.0936	-0.0987	0.0329	0.0077	0.2098	-0.0207	-0.0256	0.171	0.0253	0.0222	0.1368	-0.0008	0.1708	9.5586	48.5142	-7.0061
4	2.6516	0.4249	-2.6951	2.1858	-1.6337	5.306	0.6682	0.8628	-0.0255	0.4931	-0.4183	-0.0865	-1.4139	-1.3661	-0.2297	0.468	0.2766	0.0311	0.694	0.0103	0.2676	33.2737	33.3399	21.8751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 2:105)	B	2 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 106:132)	B	106 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 3:121)	A	3 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 122:139)	A	122 - 139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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