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万見
- PDB-3klm: 17beta-HSD1 in complex with DHT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3klm
タイトル17beta-HSD1 in complex with DHT
要素Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHT / Lipid synthesis / Steroid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / : / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / : / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / small molecule binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mazumdar, M.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2010
タイトル: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 stimulates breast cancer by dihydrotestosterone inactivation in addition to estradiol production.
著者: Aka, J.A. / Mazumdar, M. / Chen, C.Q. / Poirier, D. / Lin, S.X.
履歴
登録2009年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3563
ポリマ－34,9741
非ポリマー3832
水77543
1
X: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子

X: Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7136
ポリマ－69,9482
非ポリマー7654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.246, 43.360, 60.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 / 17-beta-HSD 1 / Placental 17-beta-hydroxysteroid ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 / 17-beta-HSD 1 / Placental 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 20 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / E2DH


分子量: 34973.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→30.33 Å / Num. obs: 34119

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.2.0005精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→30.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.03 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25666 1716 5 %RANDOM
Rwork0.21693 ---
obs0.21899 34119 98.02 %-
all-34119 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2120 0 27 43 2190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7791.9983018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6995281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16722.25893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.68315365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6691523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021659
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2211.51428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92322239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8963867
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4654.5778
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 96 -
Rwork0.373 2093 -
obs--85.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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