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万見
- PDB-3kl9: Crystal structure of PepA from Streptococcus pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kl9
タイトルCrystal structure of PepA from Streptococcus pneumoniae
要素Glutamyl aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Glutamyl aminopeptidase / PepA / tetrahedral aminopeptidase / substrate specificity / metallopeptidase M42 / Aminopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamyl aminopeptidase / glutamyl aminopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M42, glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42, domain 2 / Peptidase M42, domain 2 / : / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / Zn peptidases / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Aminopeptidase / Beta Barrel ...Peptidase M42, glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42, domain 2 / Peptidase M42, domain 2 / : / M42 glutamyl aminopeptidase / Peptidase M42 / Zn peptidases / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Aminopeptidase / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamyl aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kim, K.K. / Lee, S. / Kim, D.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the substrate specificity of PepA from Streptococcus pneumoniae, a dodecameric tetrahedral protease
著者: Kim, D. / San, B.H. / Moh, S.H. / Park, H.J. / Kim, D.Y. / Lee, S. / Kim, K.K.
履歴
登録2009年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamyl aminopeptidase
B: Glutamyl aminopeptidase
C: Glutamyl aminopeptidase
D: Glutamyl aminopeptidase
E: Glutamyl aminopeptidase
F: Glutamyl aminopeptidase
G: Glutamyl aminopeptidase
H: Glutamyl aminopeptidase
I: Glutamyl aminopeptidase
J: Glutamyl aminopeptidase
K: Glutamyl aminopeptidase
L: Glutamyl aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,38536
ポリマ－457,81512
非ポリマー1,57024
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area48230 Å2
ΔGint-1179 kcal/mol
Surface area120780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.296, 118.344, 160.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glutamyl aminopeptidase / pepA


分子量: 38151.234 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: pepA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DNJ7, glutamyl aminopeptidase
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 33 % PEG 8000, 20mM sodium cacodylate pH 6.5, 50mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日
放射モノクロメーター: Numerical link type double crystal monochromator, direct water cooling using micro-channel (1st crystal), indirect water cooling (2nd crystal)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 137138 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 0.769 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 520491
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.83.60.392.4135080.59199.3
2.8-2.913.80.322137010.60299.9
2.91-3.043.80.252136980.623100
3.04-3.23.80.201136300.648100
3.2-3.43.80.145137000.702100
3.4-3.663.80.105137150.771100
3.66-4.033.80.082136770.84299.9
4.03-4.623.80.064137580.91699.9
4.62-5.813.80.057137700.915100
5.81-503.70.044139811.07299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VHE

1vhe


解像度: 2.7→44.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.123 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.387 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 6890 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 137116 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.26 Å2 / Biso mean: 28.134 Å2 / Biso min: 5.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30756 0 24 549 31329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02231380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.96442496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36254032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.91624.3641320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.693155168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.35915144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.24792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02123664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3091.519992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.597232020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.862311388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4844.510476
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.756 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 455 -
Rwork0.289 8604 -
all-9059 -
obs--89.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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