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万見
- PDB-3kl5: Structure Analysis of a Xylanase From Glycosyl Hydrolase Family T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kl5
タイトルStructure Analysis of a Xylanase From Glycosyl Hydrolase Family Thirty: Carbohydrate Ligand Complexes Reveal this Family of Enzymes Unique Mechanism of Substrate Specificity and Recognition
要素Glucuronoxylanase xynC
キーワードHYDROLASE / alpha-beta barrel / (beta/alpha)8 barrel / (beta/alpha)8 + beta motif / dual motif hydrolase / aldotriuronic acid bound structure / aldotriuronate bound structure / XynC
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase / glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase activity / glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucuronoxylanase XynC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Pozharski, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Ligand bound structures of a glycosyl hydrolase family 30 glucuronoxylan xylanohydrolase.
著者: St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Rice, J.D. / Preston, J.F. / Pozharski, E.
履歴
登録2009年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.classification ..._pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glucuronoxylanase xynC
B: Glucuronoxylanase xynC
C: Glucuronoxylanase xynC
D: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,6158
ポリマ－181,7264
非ポリマー1,8904
水84747
1
A: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9042
ポリマ－45,4311
非ポリマー4721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3763
ポリマ－45,4311
非ポリマー9452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glucuronoxylanase xynC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9042
ポリマ－45,4311
非ポリマー4721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glucuronoxylanase xynC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4311
ポリマ－45,4311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.723, 194.008, 65.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPVALVAL1AA4 - 804 - 80
21ASPASPVALVAL1BB4 - 804 - 80
31ASPASPVALVAL1CC4 - 804 - 80
12PHEPHEASNASN2AA81 - 11981 - 119
22PHEPHEASNASN2BB81 - 11981 - 119
32PHEPHEASNASN2CC81 - 11981 - 119
13ASPASPASNASN1AA120 - 390120 - 390
23ASPASPASNASN1BB120 - 390120 - 390
33ASPASPASNASN1CC120 - 390120 - 390

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Glucuronoxylanase xynC / Glucuronoxylan xylanohydrolase / Endoxylanase xynC


分子量: 45431.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: subtilis, 168 / 遺伝子: BSU18150, xynC, ynfF / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q45070, glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖
4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 472.396 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5_4*OC]/1-1-2/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-D-GlcpA4Me]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 294.6 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium tartrate, 200 mM sodium malonate, pH 7.0, 19% PEG3350 Crystal was soaked in mother liquor with cryoprotectent and aldotetrauronic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.6K

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 54718 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.59-2.683.20.89246861.00485.4
2.68-2.794.70.851970.94394.8
2.79-2.926.20.62854720.91499.1
2.92-3.077.10.45355250.97899.9
3.07-3.267.50.28955541.014100
3.26-3.517.50.16455371.086100
3.51-3.877.40.10255900.987100
3.87-4.437.40.06555940.914100
4.43-5.587.30.05256540.978100
5.58-506.90.03559090.91699.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
Web-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KL0

3kl0


解像度: 2.59→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 15.291 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.632 / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 2778 5.1 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.243 54602 97.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 119.19 Å2 / Biso mean: 73.226 Å2 / Biso min: 23.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20 Å2
2--2.66 Å20 Å2
3----2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12259 0 127 47 12433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02212787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.92617431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg651536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.12624.421656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.742151951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1971567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5261.57672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.004212377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20835115
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0844.55054
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A594TIGHT POSITIONAL0.040.05
1B594TIGHT POSITIONAL0.040.05
1C594TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A594TIGHT THERMAL0.10.5
1B594TIGHT THERMAL0.090.5
1C594TIGHT THERMAL0.10.5
2A156TIGHT POSITIONAL0.040.05
2B156TIGHT POSITIONAL0.040.05
2C156TIGHT POSITIONAL0.050.05
2A162MEDIUM POSITIONAL0.120.5
2B162MEDIUM POSITIONAL0.20.5
2C162MEDIUM POSITIONAL0.170.5
2A156TIGHT THERMAL0.160.5
2B156TIGHT THERMAL0.080.5
2C156TIGHT THERMAL0.180.5
2A162MEDIUM THERMAL0.152
2B162MEDIUM THERMAL0.092
2C162MEDIUM THERMAL0.172
3A2128TIGHT POSITIONAL0.070.05
3B2128TIGHT POSITIONAL0.080.05
3C2128TIGHT POSITIONAL0.090.05
3A2128TIGHT THERMAL0.140.5
3B2128TIGHT THERMAL0.130.5
3C2128TIGHT THERMAL0.140.5
LS精密化 シェル解像度: 2.59→2.653 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 164 -
Rwork0.394 3085 -
all-3249 -
obs--79.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4337-0.3805-0.94241.37660.38494.290.17760.67570.2550.0047-0.130.3549-0.3899-1.2392-0.04760.26740.21880.09620.79120.15770.166715.88529.633623.6583
23.7542-1.6061-1.13920.73210.81072.9421-0.252-0.60610.29270.09790.2759-0.0764-0.4217-0.4151-0.02380.6040.46740.47161.05640.36250.557717.321814.527337.147
34.61551.0587-4.79641.84550.476411.9211-0.1248-0.2123-0.13570.1409-0.28330.11310.1922-0.42540.4080.45960.08440.10570.56780.13770.196128.4691.939629.2397
40.92210.0297-2.54194.172-3.682110.8598-0.6579-0.2468-0.2892-0.10910.69430.45291.4598-0.4001-0.03650.9560.16030.33610.66460.35810.394227.7844-9.891736.2169
51.0901-2.6578-1.30386.53093.16362.98720.15650.2646-0.0546-0.7-0.89250.09241.1157-0.52650.73611.84170.04170.57140.79160.16910.671532.8209-19.056136.8556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D3 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2D157 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3D213 - 284
4X-RAY DIFFRACTION4D285 - 332
5X-RAY DIFFRACTION5D336 - 391

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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