PDB-3kkk: Y92C catalytic residue mutant of Phosphoglycerate Mutase from Pla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kkk

タイトル

Y92C catalytic residue mutant of Phosphoglycerate Mutase from Plasmodium falciparum

要素

Phosphoglycerate mutase

キーワード

ISOMERASE / PGAM / glycolysis / malaria / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate mutase activity / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / Neutrophil degranulation / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a phosphoglycerate mutase from Plasmodium falciparum
著者: Larson, E.T. / Caruthers, J.M. / Zhang, L. / Hol, W.G.J. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2009年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kkk.cif.gz	196.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kkk.ent.gz	157.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kkk_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kkk_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
XML形式データ	3kkk_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	3kkk_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xq9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5pgm-2 1bq4-d 4pgm-d 4odi-d 1rii-d 1w0c-1 5pgm-1 5um0-d 1xq9-1 3sjb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfal005984AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (8) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglycerate mutase

B: Phosphoglycerate mutase

C: Phosphoglycerate mutase

D: Phosphoglycerate mutase

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.062, 76.120, 101.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphoglycerate mutase 分子量: 29787.223 Da / 分子数: 4 / 変異: Y92C / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal 6xHis tag added during cloning, Y92C mutation confirmed from plasmid sequence 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF11_0208 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IIG6, EC: 5.4.2.1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Phosphoglycerate mutase

分子量: 29787.223 Da / 分子数: 4 / 変異: Y92C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal 6xHis tag added during cloning, Y92C mutation confirmed from plasmid sequence
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF11_0208 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8IIG6, EC: 5.4.2.1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 35% PEG 1000, 0.1 M HEPES pH 7.2, 0.1 M KSCN, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.91837 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月20日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91837 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 64085 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 45 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.045 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique all: 6390 / Χ²: 1.005 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.74 Å	32.5 Å
Translation	2.74 Å	32.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0096	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1xq9

1xq9

解像度: 2.08→31.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 14.107 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES ARE RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	3209	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	64066	99.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.19 Å² / B_iso mean: 26.78 Å² / B_iso min: 2.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→31.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7485	0	0	244	7729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	7746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.93	1.96	10539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	3	13032
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.511	5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.441	24.429	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.022	15	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.136	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.056	4	4632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.284	4	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.75	6	7553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.084	6	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.164	10	2981

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.131 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	187	-
R_work	0.328	4270	-
all	-	4457	-
obs	-	-	94.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4453	0.3275	-0.9282	1.4412	-0.4271	3.0399	-0.0077	0.2098	-0.4917	-0.2411	0.0643	0.1775	0.2737	-0.0999	-0.0565	0.1765	-0.0056	-0.0108	0.0211	-0.0428	0.2078	19.3922	-0.1096	15.7028
2	4.7486	-0.1992	-0.1454	1.5742	0.181	1.8833	-0.0576	-0.3927	-0.3603	0.1918	0.0361	-0.0881	0.1038	0.0215	0.0215	0.1566	0.0285	0.022	0.1341	0.0689	0.1259	45.9414	3.2489	37.8425
3	3.7214	-0.0813	0.5032	2.0709	0.3456	4.4729	-0.124	-0.2123	0.5535	0.0882	-0.0522	-0.2363	-0.3935	0.5814	0.1762	0.2179	-0.051	-0.0307	0.1179	0.0105	0.2262	46.5823	35.2265	30.6821
4	4.0317	0.668	1.351	2.6183	0.6787	4.031	-0.1915	0.1191	0.4844	-0.174	-0.0819	0.4815	-0.4354	-0.5182	0.2735	0.2116	0.0872	-0.0508	0.1028	-0.0339	0.2643	14.6992	32.4082	17.0421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 231
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 231
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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