PDB-3kiz: Crystal structure of Putative phosphoribosylformylglycinamidine c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kiz

タイトル

Crystal structure of Putative phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase (YP_676759.1) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 1.50 A resolution

要素

Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase

キーワード

LIGASE / Putative phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase (YP_676759.1) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kiz.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kiz.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kiz_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kiz_full_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示
XML形式データ	3kiz_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	3kiz_validation.cif.gz	59 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/3kiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/3kiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3mdo-d 2ebs-2 6f33-2 6p3h-1 3akl-2 3oti-d 6wci-d 6mgj-8 4pbc-d 3vsx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 394475

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase

B: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase

ヘテロ分子

88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.930, 95.182, 106.277
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

ANALYTICAL SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase 分子量: 43606.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 (バクテリア) 株: ATCC 33406 / NCIMB 9469 / 遺伝子: purM, CHU_0126 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 参照: UniProt: Q11YU7, phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.2000M KAcetate, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 7.8, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97908

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月27日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97908	1

反射

解像度: 1.5→29.501 Å / Num. obs: 113854 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.606 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.5-1.54	2.5	0.376	2	18029	7300	0.376	86.3
1.54-1.58	2.8	0.331	2.3	21930	7762	0.331	94.7
1.58-1.63	3.5	0.3	2.5	27997	7989	0.3	99.6
1.63-1.68	3.7	0.259	2.9	28546	7792	0.259	100
1.68-1.73	3.7	0.22	3.4	27832	7568	0.22	100
1.73-1.79	3.7	0.181	4.1	26931	7313	0.181	100
1.79-1.86	3.7	0.15	4.7	26084	7064	0.15	100
1.86-1.94	3.7	0.128	5.3	25163	6809	0.128	100
1.94-2.02	3.7	0.108	6	24278	6551	0.108	100
2.02-2.12	3.7	0.094	6.4	23125	6263	0.094	100
2.12-2.24	3.7	0.086	6.6	22114	5967	0.086	100
2.24-2.37	3.7	0.075	7.7	21021	5674	0.075	100
2.37-2.54	3.7	0.07	8.1	19696	5326	0.07	100
2.54-2.74	3.7	0.071	7.3	18324	4956	0.071	100
2.74-3	3.7	0.069	7.3	16888	4590	0.069	100
3-3.35	3.7	0.06	7.8	15338	4170	0.06	100
3.35-3.87	3.7	0.054	9	13555	3713	0.054	100
3.87-4.74	3.6	0.049	9.7	11431	3167	0.049	100
4.74-6.71	3.5	0.048	10.2	8676	2464	0.048	99.8
6.71-29.5	3.3	0.047	10.1	4730	1416	0.047	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0053	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.501 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.707 / SU ML: 0.045 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.072
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.187	5698	5 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
obs	0.16	113785	98.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.05 Å² / B_iso mean: 12.604 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.501 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5605	0	52	921	6578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.965	8161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.972	3	9745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.067	5	802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.212	25.06	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.281	15	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.707	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.539	3	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.467	3	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.448	5	6157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.721	8	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.689	11	1981

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	367	-
R_work	0.27	6901	-
all	-	7268	-
obs	-	-	85.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2127	-0.1545	-0.0875	0.6507	0.283	0.3966	-0.0109	-0.0022	0.0057	-0.014	0.0211	-0.0562	0.0075	0.0142	-0.0102	0.0031	0.0019	0.0057	0.017	-0.0019	0.0201	63.6643	15.7953	23.5072
2	0.2428	-0.0868	0.1136	0.4697	-0.279	0.5355	-0.0255	0.0039	0.017	-0.0017	0.0045	0.0034	-0.012	-0.0041	0.021	0.0039	0.0001	-0.0063	0.0152	-0.0039	0.021	42.6812	45.3056	23.23

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 393
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	23 - 393

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関連情報:EMDBヘッダ

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