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- PDB-3kip: Crystal structure of type-II 3-dehydroquinase from C. albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kip
タイトルCrystal structure of type-II 3-dehydroquinase from C. albicans
要素3-dehydroquinase, type II
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Catabolic 3-dehydroquinase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Trapani, S. / Schoehn, G. / Navaza, J. / Abergel, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: Macromolecular crystal data phased by negative-stained electron-microscopy reconstructions.
著者: Stefano Trapani / Guy Schoehn / Jorge Navaza / Chantal Abergel /
要旨: The combination of transmission electron microscopy with X-ray diffraction data is usually limited to relatively large particles. Here, the approach is continued one step further by utilizing ...The combination of transmission electron microscopy with X-ray diffraction data is usually limited to relatively large particles. Here, the approach is continued one step further by utilizing negative staining, a technique that is of wider applicability than cryo-electron microscopy, to produce models of medium-size proteins suitable for molecular replacement. The technique was used to solve the crystal structure of the dodecameric type II dehydroquinase enzyme from Candida albicans (approximately 190 kDa) and that of the orthologous Streptomyces coelicolor protein.
履歴
登録2009年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinase, type II
B: 3-dehydroquinase, type II
C: 3-dehydroquinase, type II
D: 3-dehydroquinase, type II
E: 3-dehydroquinase, type II
F: 3-dehydroquinase, type II
G: 3-dehydroquinase, type II
H: 3-dehydroquinase, type II
I: 3-dehydroquinase, type II
J: 3-dehydroquinase, type II
K: 3-dehydroquinase, type II
L: 3-dehydroquinase, type II
M: 3-dehydroquinase, type II
N: 3-dehydroquinase, type II
O: 3-dehydroquinase, type II
P: 3-dehydroquinase, type II
Q: 3-dehydroquinase, type II
R: 3-dehydroquinase, type II
S: 3-dehydroquinase, type II
T: 3-dehydroquinase, type II
U: 3-dehydroquinase, type II
V: 3-dehydroquinase, type II
W: 3-dehydroquinase, type II
X: 3-dehydroquinase, type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,62956
ポリマ－443,34624
非ポリマー3,28332
水3,027168
1
A: 3-dehydroquinase, type II
B: 3-dehydroquinase, type II
C: 3-dehydroquinase, type II
D: 3-dehydroquinase, type II
E: 3-dehydroquinase, type II
F: 3-dehydroquinase, type II
G: 3-dehydroquinase, type II
H: 3-dehydroquinase, type II
I: 3-dehydroquinase, type II
J: 3-dehydroquinase, type II
K: 3-dehydroquinase, type II
L: 3-dehydroquinase, type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,31428
ポリマ－221,67312
非ポリマー1,64116
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28980 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area65450 Å2
手法PISA
2
M: 3-dehydroquinase, type II
N: 3-dehydroquinase, type II
O: 3-dehydroquinase, type II
P: 3-dehydroquinase, type II
Q: 3-dehydroquinase, type II
R: 3-dehydroquinase, type II
S: 3-dehydroquinase, type II
T: 3-dehydroquinase, type II
U: 3-dehydroquinase, type II
V: 3-dehydroquinase, type II
W: 3-dehydroquinase, type II
X: 3-dehydroquinase, type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,31428
ポリマ－221,67312
非ポリマー1,64116
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28810 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area66460 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area61720 Å2
ΔGint-535 kcal/mol
Surface area127980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.103, 308.110, 97.152
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological unit is a dodecamer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A-L and chains M-X).

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要素

#1: タンパク質 ...
3-dehydroquinase, type II


分子量: 18472.744 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: NIH 3147 ATCC number MYA-2876D / 遺伝子: DQD1, DHQ99, CaO19.9823 / プラスミド: pSF-04 Protein'eXpert / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59Z17, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% PEG 8000 (w/v), LiSO4 0.2 M, Hepes buffer 0.1 M, pH 7.0, sitting drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器日付: 2006
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→70.68 Å / Num. all: 101344 / Num. obs: 101228 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 77.8 Å2 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 14646 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: a 3D EM reconstruction at 15 A resolution

解像度: 2.95→70.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.963 / SU B: 34.706 / SU ML: 0.299 / SU R Cruickshank DPI: 0.339 / SU Rfree: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.391
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 5090 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 101228 99.89 %-
all-101344 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.44 Å2 / Biso mean: 59.277 Å2 / Biso min: 12.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→70.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26792 0 184 168 27144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.02227378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2711.95437140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.16953409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.24524.4591256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.968154536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.42615144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.24358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0220368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.941.517050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.826227438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.967310328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.934.59702
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 372 -
Rwork0.35 7026 -
all-7398 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4199-0.48670.49733.65620.38844.3025-0.11250.1893-0.1498-0.2964-0.05230.4049-0.1364-0.29320.1648-0.6751-0.0443-0.0394-0.8688-0.0852-0.485143.075100.08414.168
24.4406-0.59460.07323.88960.00071.3580.02390.0868-0.3344-0.05440.0151-0.27270.26430.0438-0.039-0.5905-0.020.0015-0.8596-0.0881-0.497264.46486.16430.266
34.48961.1959-0.41252.5930.95363.75170.0914-0.338-0.33160.376-0.23090.37280.2747-0.25640.1395-0.6069-0.06920.1369-0.8097-0.0615-0.459736.55190.11742.222
43.4911-0.92420.04932.2738-0.27184.4233-0.0058-0.56170.13340.43170.0106-0.2577-0.10010.0743-0.0048-0.5932-0.0298-0.0343-0.725-0.0188-0.594380.962117.06960.733
53.7306-0.1011-0.99614.11821.04032.21470.00830.0247-0.47740.0807-0.0503-0.190.22190.17720.042-0.70480.03-0.0352-0.8812-0.0395-0.544884.3100.73134.859
62.93841.3760.1945.3244-0.75252.3122-0.030.18260.2911-0.07520.0183-0.2922-0.13210.14740.0117-0.71310.02480.0258-0.86230.0049-0.472684.253131.37733.797
73.1835-0.21971.60884.46150.70993.88970.10510.38980.0175-0.5578-0.0610.4226-0.032-0.1878-0.0441-0.60390.0025-0.0823-0.781-0.0001-0.408640.168124.98612.199
81.9151-0.8752-0.82774.95470.35933.7528-0.0551-0.0780.39040.27630.0620.5361-0.345-0.3246-0.0069-0.62720.080.0217-0.8279-0.064-0.362340.589145.00135.674
93.32120.48080.24632.76240.5862.3984-0.04170.2340.2821-0.29250.0012-0.133-0.24820.12310.0405-0.6620.0186-0.0021-0.93040.0557-0.467865.544140.35819.987
104.29470.28090.73882.7491.31944.36860.0405-0.57760.04220.565-0.02680.0262-0.02520.1483-0.0137-0.4472-0.04830.1123-0.623-0.0781-0.646459.093123.09171.657
114.5881-1.0808-0.42084.2189-0.54373.14150.0847-0.27540.35770.3013-0.09390.3283-0.342-0.39520.0092-0.49470.05180.1827-0.6595-0.1408-0.485534.234133.57957.46
122.22091.2989-0.1945.1363-0.46824.125-0.0669-0.2872-0.16480.413-0.03620.3520.3487-0.45620.1031-0.4707-0.05450.2127-0.6322-0.0566-0.523336.955103.94663.523
132.75030.2749-0.67834.4905-0.03773.7379-0.04690.01580.2603-0.11980.1543-0.3511-0.3050.3066-0.1074-0.6443-0.06620.016-0.7911-0.0902-0.452370.7772.923.765
144.008-0.4639-0.45352.5940.95322.59740.0881-0.12830.28650.0215-0.16740.3478-0.2476-0.24680.0793-0.5987-0.05550.047-0.7891-0.0985-0.432843.56670.0216.601
153.48350.17221.36743.4422-0.33483.00150.1867-0.5936-0.12770.4207-0.0418-0.24290.29740.0594-0.1449-0.4658-0.0071-0.0561-0.6934-0.032-0.457267.28153.25427.41
164.0740.8311-0.60033.6877-1.20932.79630.1203-0.1788-0.47780.2029-0.04810.17880.3731-0.3292-0.0722-0.5577-0.0936-0.0248-0.77280.0316-0.459924.99431.709-0.557
173.4446-0.78430.69264.30151.19583.2445-0.0452-0.34610.41190.1472-0.01980.3198-0.1871-0.4040.065-0.7227-0.02670.038-0.8144-0.0691-0.409226.42562.040.016
183.63590.77080.50952.33920.43174.2113-0.03930.47580.0826-0.28140.06760.178-0.01690.0894-0.0282-0.6497-0.00130.0033-0.8037-0.011-0.48832.3847.002-25.879
195.36361.2612-0.50553.87210.80423.27590.08960.25140.2609-0.1020.0294-0.3518-0.26940.5582-0.119-0.6595-0.06010.0923-0.5973-0.0851-0.464378.95460.812-17.009
202.3874-0.897-0.76144.60650.47424.1465-0.04170.2628-0.384-0.03950.11-0.3040.48620.5113-0.0683-0.55670.09620.0274-0.6389-0.1679-0.368575.24231.306-22.785
214.28810.27560.8663.398-1.14534.1273-0.08820.5957-0.0424-0.47860.21-0.0565-0.00890.0326-0.1217-0.6155-0.01330.0643-0.5906-0.0666-0.576855.7951.305-34.124
225.11031.02751.12414.66080.32071.61710.0983-0.125-0.49080.18190.01880.31240.4769-0.2318-0.1171-0.3341-0.0612-0.0589-0.80490.1147-0.351843.07215.5916.289
233.0401-1.1346-0.77472.898-0.7594.17080.18090.1491-0.5983-0.1414-0.0892-0.33540.48260.3526-0.0917-0.43570.1181-0.0643-0.7825-0.0601-0.224972.03217.773-1.468
241.97450.20721.1463.77550.23955.2760.1234-0.3548-0.26410.5205-0.0462-0.38860.10740.2206-0.0772-0.3280.0174-0.1108-0.72770.0685-0.39862.73328.58925.355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 200
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 200
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 200
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 200
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 200
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 200
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 200
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 200
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 200
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 200
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 200
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 200
17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 200
18X-RAY DIFFRACTION18R1 - 200
19X-RAY DIFFRACTION19S1 - 200
20X-RAY DIFFRACTION20T1 - 200
21X-RAY DIFFRACTION21U1 - 200
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 200
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 200
24X-RAY DIFFRACTION24X1 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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