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Yorodumi- PDB-3n8k: Type II dehydroquinase from Mycobacterium tuberculosis complexed ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3n8k | ||||||
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Title | Type II dehydroquinase from Mycobacterium tuberculosis complexed with citrazinic acid | ||||||
Components | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / DEHYDRATASE / SHIKIMATE PATHWAY / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS / tuberculosis / drug target / citrazinic acid / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Snee, W.C. / Palaninathan, S.K. / Sacchettini, J.C. / Dias, M.V.B. / Bromfield, K.M. / Payne, R. / Ciulli, A. / Howard, N.I. / Abell, C. / Blundell, T.L. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2011 Title: Structural investigation of inhibitor designs targeting 3-dehydroquinate dehydratase from the shikimate pathway of Mycobacterium tuberculosis. Authors: Dias, M.V. / Snee, W.C. / Bromfield, K.M. / Payne, R.J. / Palaninathan, S.K. / Ciulli, A. / Howard, N.I. / Abell, C. / Sacchettini, J.C. / Blundell, T.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3n8k.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3n8k.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3n8k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3n8k_validation.pdf.gz | 685.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3n8k_full_validation.pdf.gz | 749.6 KB | Display | |
Data in XML | 3n8k_validation.xml.gz | 136.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3n8k_validation.cif.gz | 178.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/3n8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/3n8k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3n59SC 3n76C 3n7aC 3n86C 3n87C 3n8nC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18649.947 Da / Num. of mol.: 24 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Gene: aroD, aroQ, MT2612, MTCY159.19, Rv2537c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P0A4Z6, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase #2: Chemical | ChemComp-D1X / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: microbatch Details: MtDHQase protein was concentrated to 10-15 mg/mL prior to crystallization, using Amicon Ultra MWCO 5 KDa protein concentrators. MtDHQase crystals were grown in 4 uL drops composed of 5-7 ...Details: MtDHQase protein was concentrated to 10-15 mg/mL prior to crystallization, using Amicon Ultra MWCO 5 KDa protein concentrators. MtDHQase crystals were grown in 4 uL drops composed of 5-7 mg/mL protein, 15% PEG monomethyl ether 2,000, 0.075 M KBr, 25 mM Tris, 50 mM NaCl, 0.5 mM DTT, 0.5 mM EDTA, pH 7.5 in microbatch plates covered with 5 mL Al s oil, Microbatch, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→50 Å / Num. all: 176635 / Num. obs: 176635 / % possible obs: 98.44 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3N59 Resolution: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.791 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.219 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.441 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.25→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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