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- PDB-3khq: Crystal structure of murine Ig-beta (CD79b) in the monomeric form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khq
タイトルCrystal structure of murine Ig-beta (CD79b) in the monomeric form
要素B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
キーワードPROTEIN BINDING / CD79b / CD79a / Ig-beta / BCR / Ig domain / V-set / Immunoglobulin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / response to bacterium / transmembrane signaling receptor activity / adaptive immune response / external side of plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / GLUTATHIONE / B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Radaev, S. / Sun, P.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Studies of Igalphabeta and Its Assembly with the B Cell Antigen Receptor.
著者: Radaev, S. / Zou, Z. / Tolar, P. / Nguyen, K. / Nguyen, A. / Krueger, P.D. / Stutzman, N. / Pierce, S. / Sun, P.D.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Non-polymer description
改定 1.32019年7月17日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42025年3月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6014
ポリマ－15,0801
非ポリマー5213
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.63, 79.72, 34.32
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain / Ig-beta / B-cell-specific glycoprotein B29 / Immunoglobulin-associated B29 protein


分子量: 15079.915 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd79b, Igb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15530
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 20% Peg 750 MME, 0.2M MgCl2, 100mM Na Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 10471 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.317

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→39.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.114 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 515 4.9 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.18758 10071 93.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数752 0 34 58 844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.9471069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.533.0061329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.724591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96324.10339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.7415142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.123155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2460.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2770.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2250.235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.3834606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4284191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it106748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.4774396
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.3976321
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 22 -
Rwork0.27 382 -
obs--51.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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