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- PDB-3khf: The crystal structure of the PDZ domain of human Microtubule Asso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3khf
タイトルThe crystal structure of the PDZ domain of human Microtubule Associated Serine/Threonine Kinase 3 (MAST3)
要素Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / MAST3 / microtubule associated serine/threonine kinase 3 / kinase / PDZ domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Magnesium / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeleton organization / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, domain / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, pre-PK domain superfamily / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, catalytic domain / Domain of unknown function (DUF1908) / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / AGC-kinase, C-terminal ...Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, domain / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, pre-PK domain superfamily / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, catalytic domain / Domain of unknown function (DUF1908) / : / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Roos, A. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Wang, J. / Ugochukwu, E. / Murray, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...Roos, A. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Wang, J. / Ugochukwu, E. / Murray, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the PDZ domain of human Microtubule Associated Serine/Threonine Kinase 3 (MAST3)
著者: Roos, A. / Elkins, J. / Savitsky, P. / Wang, J. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Knapp, S.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 3
B: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7065
ポリマ－21,5472
非ポリマー1603
水4,396244
1
A: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7731
ポリマ－10,7731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9334
ポリマ－10,7731
非ポリマー1603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.650, 55.537, 59.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 3


分子量: 10773.262 Da / 分子数: 2 / 断片: MAST3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0561, MAST3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2
参照: UniProt: O60307, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.2 M Lithium Sulphate; 0.1 M Tris pH 9; 35% PEG4K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→36.59 Å / Num. all: 50856 / Num. obs: 50856 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 46964 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0089精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V90, 2VPH, 2Z17

2v90

2vph

2z17


解像度: 1.2→36.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.09 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1708 2616 5.2 %RANDOM
Rwork0.15646 ---
all0.1572 48172 --
obs0.1572 48172 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.112 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→36.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1549 0 9 244 1802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211602
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.9622207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89332585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9725228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.56823.52968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8915264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5541511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3961.51010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5971.5415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23921653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7043592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9754.5535
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.20632649
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.9943245
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.42532604
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 184 -
Rwork0.187 3478 -
obs--98.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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