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万見
- PDB-3kh9: Crystal structure of the periplasmic soluble domain of oxidized C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kh9
タイトルCrystal structure of the periplasmic soluble domain of oxidized CcmG from Pseudomonas aeruginosa
要素Thiol:disulfide interchange protein dsbE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRX-like / thiol-disulfide exchange / Cell inner membrane / Cytochrome c-type biogenesis / Disulfide bond / Redox-active center / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic protein thiol:disulphide oxidoreductase DsbE / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Periplasmic protein thiol:disulphide oxidoreductase DsbE / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol:disulfide interchange protein DsbE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Di Matteo, A. / Calosci, N. / Gianni, S. / Jemth, P. / Brunori, M. / Travaglini Allocatelli, C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structural and functional characterization of CcmG from Pseudomonas aeruginosa, a key component of the bacterial cytochrome c maturation apparatus.
著者: Di Matteo, A. / Calosci, N. / Gianni, S. / Jemth, P. / Brunori, M. / Travaglini-Allocatelli, C.
履歴
登録2009年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein dsbE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5601
ポリマ－19,5601
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.099, 74.099, 65.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-264-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein dsbE / Cytochrome c biogenesis protein ccmG


分子量: 19560.182 Da / 分子数: 1 / 断片: Soluble domain residues 26-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: ccmG, dsbE, PA1481 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I3N1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 18-20% PEG 4000, 0.1-0.3M Magnesium formate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→52.414 Å / Num. all: 9678 / Num. obs: 9665 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 9974 / Num. unique all: 1333 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.5データスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→33.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.404 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 460 4.8 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 9629 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.41 Å2 / Biso mean: 20.491 Å2 / Biso min: 8.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---2.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1207 0 0 95 1302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1841.9791706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7235158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58724.25954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29815200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.591.5799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02321260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5843513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.484.5444
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 34 -
Rwork0.218 617 -
all-651 -
obs--94.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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