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- PDB-6rsl: Cytochrome c co-crystallized with 10 eq. sulfonato-calix[8]arene ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rsl | ||||||
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Title | Cytochrome c co-crystallized with 10 eq. sulfonato-calix[8]arene and 25 eq. spermine (dry-coating method) - structure III | ||||||
![]() | Cytochrome c iso-1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Molecular glues / Molecular switch / spermine / polyamine / calixarene / supramolecular chemistry / cytc | ||||||
Function / homology | ![]() Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Engilberge, S. / Crowley, P.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Tuning Protein Frameworks via Auxiliary Supramolecular Interactions. Authors: Engilberge, S. / Rennie, M.L. / Dumont, E. / Crowley, P.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 129.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 103.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 5.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 5.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6gdaC ![]() 6rsiC ![]() 6rsjC ![]() 6rskC ![]() 6gd9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 12041.770 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: CYC1, YJR048W, J1653 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 241 molecules ![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/EVB.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EVB.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EVB / #4: Chemical | ChemComp-SPM / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.96 Å3/Da / Density % sol: 70 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.10 M HEPES pH 7.5, 0.15 M NaCl, 2.20 M Ammonium sulfate, 0.02 M sulfonato-calix[8]arene, 0.05 M spermine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98009 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.988→74.272 Å / Num. obs: 33926 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 25.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.344 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.351 / Net I/σ(I): 6.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.988→2.022 Å / Redundancy: 26.7 % / Rmerge(I) obs: 2.169 / Num. unique obs: 1668 / CC1/2: 0.928 / Rpim(I) all: 0.428 / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6GD9 Resolution: 1.988→56.383 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 42.64
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.988→56.383 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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