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- PDB-3kh0: Crystal structure of the Ras-association (RA) domain of RALGDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kh0
タイトルCrystal structure of the Ras-association (RA) domain of RALGDS
要素Ral guanine nucleotide dissociation stimulator
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural genomics consortium / sgc / ras-association domain / Alternative splicing / Guanine-nucleotide releasing factor
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase regulator activity / brush border / p38MAPK events / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal ...Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shen, Y. / Tempel, W. / Wang, H. / Tong, Y. / Guan, X. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...Shen, Y. / Tempel, W. / Wang, H. / Tong, Y. / Guan, X. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the Ras-association (RA) domain of RALGDS
著者: Shen, Y. / Tempel, W. / Wang, H. / Tong, Y. / Guan, X. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2009年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator
B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0556
ポリマ－32,0552
非ポリマー04
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator

B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0556
ポリマ－32,0552
非ポリマー04
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556x-y,x,z+7/61
Buried area1900 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.590, 104.590, 39.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / RalGDS / RalGEF


分子量: 16027.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALGDS, KIAA1308, RGF / プラスミド: pET28-mhl (GI:134105571) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q12967
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 2.0% PEG400, 0.1m sodium HEPES. 1:100 (w/w) endoproteinase Glu-C were present in the crystallization drop, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K, ...詳細: 2.0M ammonium sulfate, 2.0% PEG400, 0.1m sodium HEPES. 1:100 (w/w) endoproteinase Glu-C were present in the crystallization drop, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 14288 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Χ2: 1.319 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.182.10.65812051.06782.5
2.18-2.262.70.51613641.29193.9
2.26-2.373.40.4114290.93297.2
2.37-2.494.10.38314300.94597.3
2.49-2.654.90.34314290.92897.7
2.65-2.856.40.3414410.96298.2
2.85-3.149.30.30914731.006100
3.14-3.5910.90.1914841.373100
3.59-4.5211.10.13114931.988100
4.52-4010.80.08915401.4199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1LXD

1lxd


解像度: 2.1→31.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: The programs MOLPROBITY, COOT have also been used during refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 701 4.94 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.204 ---
obs0.205 13479 --
原子変位パラメータBiso mean: 32.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.495 Å20 Å20 Å2
2---0.495 Å20 Å2
3---0.989 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.256 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 4 55 1671
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.27 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 124 4.77 %
Rwork0.215 2475 -
all0.22 2599 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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