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万見
- PDB-3kgv: Crystal Structure of Human DNA-dependent Protein Kinase Catalytic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kgv
タイトルCrystal Structure of Human DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit (DNA-PKcs)
要素DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
キーワードTRANSFERASE / DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit / DNA-PKcs / Ku80 / non-homologues end joining / DNA repair
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Sibanda, B.L. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of DNA-PKcs reveals a large open-ring cradle comprised of HEAT repeats.
著者: Sibanda, B.L. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L.
履歴
登録2009年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年7月23日Group: Other
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.42024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
B: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
C: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
D: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
E: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
F: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
X: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
O: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
P: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
Q: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
R: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
S: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
T: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
Y: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,918,80714
ポリマ－4,918,80714
非ポリマー00
水00
1
A: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
B: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
C: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
D: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
E: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
F: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
X: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,459,4037
ポリマ－2,459,4037
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
O: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
P: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
Q: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
R: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
S: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
T: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit
Y: DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,459,4037
ポリマ－2,459,4037
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.60, 132.99, 297.00
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit / DNA-PK catalytic subunit / DNA-PKcs / DNPK1 / p460


分子量: 351343.344 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: nuclear extracts / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HeLa cells S3 / 参照: non-specific serine/threonine protein kinase
配列の詳細1. BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION OF THE DIFFRACTION DATA, AUTHOR COULD NOT IDENTIFY THE CORRECT ...1. BECAUSE OF THE LOW RESOLUTION OF THE DIFFRACTION DATA, AUTHOR COULD NOT IDENTIFY THE CORRECT NUMBERING/TYPE OF THE RESIDUES. RESIDUE NUMBERING IS ARBITRARY, NOT CORRESPONDING TO THE ONE IN UNIPROT ENTRY, P78527. THE FOLLOWING IS THE ONE-LETTER SEQUENCE FOR THE PROTEIN MODELED IN THIS STRUCTURE, UNIPROTKB/SWISS-PROT P78527 (PRKDC_HUMAN) MAGSGAGVRCSLLRLQETLSAADRCGAALAGHQLIRGLGQECVLSSSPAVLALQTSLVFS RDFGLLVFVRKSLNSIEFRECREEILKFLCIFLEKMGQKIAPYSVEIKNTCTSVYTKDRA AKCKIPALDLLIKLLQTFRSSRLMDEFKIGELFSKFYGELALKKKIPDTVLEKVYELLGL LGEVHPSEMINNAENLFRAFLGELKTQMTSAVREPKLPVLAGCLKGLSSLLCNFTKSMEE DPQTSREIFNFVLKAIRPQIDLKRYAVPSAGLRLFALHASQFSTCLLDNYVSLFEVLLKW CAHTNVELKKAALSALESFLKQVSNMVAKNAEMHKNKLQYFMEQFYGIIRNVDSNNKELS IAIRGYGLFAGPCKVINAKDVDFMYVELIQRCKQMFLTQTDTGDDRVYQMPSFLQSVASV LLYLDTVPEVYTPVLEHLVVMQIDSFPQYSPKMQLVCCRAIVKVFLALAAKGPVLRNCIS TVVHQGLIRICSKPVVLPKGPESESEDHRASGEVRTGKWKVPTYKDYVDLFRHLLSSDQM MDSILADEAFFSVNSSSESLNHLLYDEFVKSVLKIVEKLDLTLEIQTVGEQENGDEAPGV WMIPTSDPAANLHPAKPKDFSAFINLVEFCREILPEKQAEFFEPWVYSFSYELILQSTRL PLISGFYKLLSITVRNAKKIKYFEGVSPKSLKHSPEDPEKYSCFALFVKFGKEVAVKMKQ YKDELLASCLTFLLSLPHNIIELDVRAYVPALQMAFKLGLSYTPLAEVGLNALEEWSIYI DRHVMQPYYKDILPCLDGYLKTSALSDETKNNWEVSALSRAAQKGFNKVVLKHLKKTKNL SSNEAISLEEIRIRVVQMLGSLGGQINKNLLTVTSSDEMMKSYVAWDREKRLSFAVPFRE MKPVIFLDVFLPRVTELALTASDRQTKVAACELLHSMVMFMLGKATQMPEGGQGAPPMYQ LYKRTFPVLLRLACDVDQVTRQLYEPLVMQLIHWFTNNKKFESQDTVALLEAILDGIVDP VDSTLRDFCGRCIREFLKWSIKQITPQQQEKSPVNTKSLFKRLYSLALHPNAFKRLGASL AFNNIYREFREEESLVEQFVFEALVIYMESLALAHADEKSLGTIQQCCDAIDHLCRIIEK KHVSLNKAKKRRLPRGFPPSASLCLLDLVKWLLAHCGRPQTECRHKSIELFYKFVPLLPG NRSPNLWLKDVLKEEGVSFLINTFEGGGCGQPSGILAQPTLLYLRGPFSLQATLCWLDLL LAALECYNTFIGERTVGALQVLGTEAQSSLLKAVAFFLESIAMHDIIAAEKCFGTGAAGN RTSPQEGERYNYSKCTVVVRIMEFTTTLLNTSPEGWKLLKKDLCNTHLMRVLVQTLCEPA SIGFNIGDVQVMAHLPDVCVNLMKALKMSPYKDILETHLREKITAQSIEELCAVNLYGPD AQVDRSRLAAVVSACKQLHRAGLLHNILPSQSTDLHHSVGTELLSLVYKGIAPGDERQCL PSLDLSCKQLASGLLELAFAFGGLCERLVSLLLNPAVLSTASLGSSQGSVIHFSHGEYFY SLFSETINTELLKNLDLAVLELMQSSVDNTKMVSAVLNGMLDQSFRERANQKHQGLKLAT TILQHWKKCDSWWAKDSPLETKMAVLALLAKILQIDSSVSFNTSHGSFPEVFTTYISLLA DTKLDLHLKGQAVTLLPFFTSLTGGSLEELRRVLEQLIVAHFPMQSREFPPGTPRFNNYV DCMKKFLDALELSQSPMLLELMTEVLCREQQHVMEELFQSSFRRIARRGSCVTQVGLLES VYEMFRKDDPRLSFTRQSFVDRSLLTLLWHCSLDALREFFSTIVVDAIDVLKSRFTKLNE STFDTQITKKMGYYKILDVMYSRLPKDDVHAKESKINQVFHGSCITEGNELTKTLIKLCY DAFTENMAGENQLLERRRLYHCAAYNCAISVICCVFNELKFYQGFLFSEKPEKNLLIFEN LIDLKRRYNFPVEVEVPMERKKKYIEIRKEAREAANGDSDGPSYMSSLSYLADSTLSEEM SQFDFSTGVQSYSYSSQDPRPATGRFRRREQRDPTVHDDVLELEMDELNRHECMAPLTAL VKHMHRSLGPPQGEEDSVPRDLPSWMKFLHGKLGNPIVPLNIRLFLAKLVINTEEVFRPY AKHWLSPLLQLAASENNGGEGIHYMVVEIVATILSWTGLATPTGVPKDEVLANRLLNFLM KHVFHPKRAVFRHNLEIIKTLVECWKDCLSIPYRLIFEKFSGKDPNSKDNSVGIQLLGIV MANDLPPYDPQCGIQSSEYFQALVNNMSFVRYKEVYAAAAEVLGLILRYVMERKNILEES LCELVAKQLKQHQNTMEDKFIVCLNKVTKSFPPLADRFMNAVFFLLPKFHGVLKTLCLEV VLCRVEGMTELYFQLKSKDFVQVMRHRDDERQKVCLDIIYKMMPKLKPVELRELLNPVVE FVSHPSTTCREQMYNILMWIHDNYRDPESETDNDSQEIFKLAKDVLIQGLIDENPGLQLI IRNFWSHETRLPSNTLDRLLALNSLYSPKIEVHFLSLATNFLLEMTSMSPDYPNPMFEHP LSECEFQEYTIDSDWRFRSTVLTPMFVETQASQGTLQTRTQEGSLSARWPVAGQIRATQQ QHDFTLTQTADGRSSFDWLTGSSTDPLVDHTSPSSDSLLFAHKRSERLQRAPLKSVGPDF GKKRLGLPGDEVDNKVKGAAGRTDLLRLRRRFMRDQEKLSLMYARKGVAEQKREKEIKSE LKMKQDAQVVLYRSYRHGDLPDIQIKHSSLITPLQAVAQRDPIIAKQLFSSLFSGILKEM DKFKTLSEKNNITQKLLQDFNRFLNTTFSFFPPFVSCIQDISCQHAALLSLDPAAVSAGC LASLQQPVGIRLLEEALLRLLPAELPAKRVRGKARLPPDVLRWVELAKLYRSIGEYDVLR GIFTSEIGTKQITQSALLAEARSDYSEAAKQYDEALNKQDWVDGEPTEAEKDFWELASLD CYNHLAEWKSLEYCSTASIDSENPPDLNKIWSEPFYQETYLPYMIRSKLKLLLQGEADQS LLTFIDKAMHGELQKAILELHYSQELSLLYLLQDDVDRAKYYIQNGIQSFMQNYSSIDVL LHQSRLTKLQSVQALTEIQEFISFISKQGNLSSQVPLKRLLNTWTNRYPDAKMDPMNIWD DIITNRCFFLSKIEEKLTPLPEDNSMNVDQDGDPSDRMEVQEQEEDISSLIRSCKFSMKM KMIDSARKQNNFSLAMKLLKELHKESKTRDDWLVSWVQSYCRLSHCRSRSQGCSEQVLTV LKTVSLLDENNVSSYLSKNILAFRDQNILLGTTYRIIANALSSEPACLAEIEEDKARRIL ELSGSSSEDSEKVIAGLYQRAFQHLSEAVQAAEEEAQPPSWSCGPAAGVIDAYMTLADFC DQQLRKEEENASVIDSAELQAYPALVVEKMLKALKLNSNEARLKFPRLLQIIERYPEETL SLMTKEISSVPCWQFISWISHMVALLDKDQAVAVQHSVEEITDNYPQAIVYPFIISSESY SFKDTSTGHKNKEFVARIKSKLDQGGVIQDFINALDQLSNPELLFKDWSNDVRAELAKTP VNKKNIEKMYERMYAALGDPKAPGLGAFRRKFIQTFGKEFDKHFGKGGSKLLRMKLSDFN DITNMLLLKMNKDSKPPGNLKECSPWMSDFKVEFLRNELEIPGQYDGRGKPLPEYHVRIA GFDERVTVMASLRRPKRIIIRGHDEREHPFLVKGGEDLRQDQRVEQLFQVMNGILAQDSA CSQRALQLRTYSVVPMTSRLGLIEWLENTVTLKDLLLNTMSQEEKAAYLSDPRAPPCEYK DWLTKMSGKHDVGAYMLMYKGANRTETVTSFRKRESKVPADLLKRAFVRMSTSPEAFLAL RSHFASSHALICISHWILGIGDRHLNNFMVAMETGGVIGIDFGHAFGSATQFLPVPELMP FRLTRQFINLMLPMKETGLMYSIMVHALRAFRSDPGLLTNTMDVFVKEPSFDWKNFEQKM LKKGGSWIQEINVAEKNWYPRQKICYAKRKLAGANPAVITCDELLLGHEKAPAFRDYVAV ARGSKDHNIRAQEPESGLSEETQVKCLMDQATDPNILGRTWEGWEPWM 2. THERE WAS ANOTHER ENTITY WHICH PRESENTED IN THE CRYSTAL, BUT COULD NOT BE IDENTIFIED IN THE STRUCTURE. THE ENTITY WAS GENITICALLY MANIPULATED IN E.COLI BL21(DE3), USING PLASMID PGAT3. THE ONE-LETTER SEQUENCE FOR THE ENTITY IS: UNP RESIDUES 539-732 OF UNIPROTKB/SWISS-PROT P13010 (KU86_HUMAN). LIEAKKKDQVTAQEIFQDNHEDGPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENF RVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIRAFREEAIKFSEEQRFNNF LKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAV FEEGGDVDDLLDMI

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 8% PEG 8000, 0.2M NaCl, 0.05M DTT, 0.1M Bis-Tris, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2549, 1.2552
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月29日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.25491
21.25521
反射解像度: 6.6→100 Å / Num. all: 23200 / Num. obs: 22653 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077
反射 シェル解像度: 6.6→6.75 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique all: 1756 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.24.1bモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.24.1b位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 6.6→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.626 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.612 / SU B: 0.008 / SU ML: 0 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.826 / ESU R Free: 2.821 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.441 1223 5.1 %RANDOM
Rwork0.442 ---
obs0.442 22653 97.64 %-
all-23200 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.021 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å2-0.04 Å2
2--1.07 Å2-0 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.6→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20320 0 0 0 20320
LS精密化 シェル解像度: 6.6→6.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.569 96 -
Rwork0.522 1660 -
obs-1756 97.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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