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- EMDB-1102: Three-dimensional structure and regulation of the DNA-dependent p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1102
タイトルThree-dimensional structure and regulation of the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs).
マップデータThis is the cryoEM 3D reconstruction of DNA-PKcs kinase.
試料
  • 試料: Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs
  • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Rivera-Calzada A / Maman JP / Spagnolo L / Pearl LH / Llorca O
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Three-dimensional structure and regulation of the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs).
著者: Angel Rivera-Calzada / Joseph D Maman / Laura Spagnolo / Laurence H Pearl / Oscar Llorca /
要旨: DNA-PKcs is a large PI3-kinase-related protein kinase (PIKK) that plays a central role in DNA double-strand break (DSB) repair via nonhomologous end joining. Using cryo-electron microscopy we have ...DNA-PKcs is a large PI3-kinase-related protein kinase (PIKK) that plays a central role in DNA double-strand break (DSB) repair via nonhomologous end joining. Using cryo-electron microscopy we have now generated an approximately 13 A three-dimensional map of DNA-PKcs, revealing the overall architecture and topology of the 4128 residue polypeptide chain and allowing location of domains. The highly conserved C-terminal PIKK catalytic domain forms a central structure from which FAT and FATC domains protrude. Conformational changes observed in these domains on DNA binding suggest that they transduce DNA-induced conformational changes to the catalytic core and regulate kinase activity. The N-terminal segments form long curved tubular-shaped domains based on helical repeats to create interacting surfaces required for macromolecular assembly. Comparison of DNA-PKcs with another PIKK DNA repair factor, ATM, defines a common architecture for this important protein family.
履歴
登録2004年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年12月15日-
マップ公開2008年12月15日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.829065583
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.829065583
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1102.gif

emd_1102.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1102.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the cryoEM 3D reconstruction of DNA-PKcs kinase.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 280. Å		2.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 280. Å		2.8 Å/pix.
x 100 pix.
= 280. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.99 / ムービー #1: 2.8290656
最小 - 最大0.0 - 8.253209999999999
平均 (標準偏差)0.127009 (±0.671219)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin111
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 280 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.000280.000280.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-32-32-32
NX/NY/NZ646464
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS111
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean0.0008.2530.127

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs

全体名称: Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs
要素
  • 試料: Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs
  • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

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超分子 #1000: Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs

超分子名称: Human DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, DNA-PKcs
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 470 KDa / 手法: From its sequence

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分子 #1: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

分子名称: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA-PKcs / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 470 KDa
組換発現生物種: HeLa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 50mM KCl, 1mM MgCl2.
グリッド詳細: 400 mesh carbon coated Rhodium-Copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: home made plunger / 手法: Blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective astigmatism was corrected using the stigmator, CCD camera collected images and the Digital Micrograph software
詳細Microscope model: TECNAI G2 200 kV, FEI.
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 43 / 詳細: Images were averaged to 14 microns / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: side entry liquid-nitrogen cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: reverse phases for each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: CTF Corrected particles were subjected to 3D refinement as implemented in EMAN. The starting volume was generated by image classification of the whole data set into a few average images to ...詳細: CTF Corrected particles were subjected to 3D refinement as implemented in EMAN. The starting volume was generated by image classification of the whole data set into a few average images to build a reconstruction using common lines.
使用した粒子像数: 7000
最終 角度割当詳細: EMAN software criteria

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1e8x

ソフトウェア名称: SITUS
詳細Protocol: Rigid Body. The domains were fitted using the COLORES command from SITUS
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coeficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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