PDB-3kgb: Crystal structure of thymidylate synthase 1/2 from Encephalitozoo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kgb

タイトル

Crystal structure of thymidylate synthase 1/2 from Encephalitozoon cuniculi at 2.2 A resolution

要素

Thymidylate synthase 1/2

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / DECODE / ENCEPHALITOZOON CUNICULI / THYMIDYLATE SYNTHASE / Methyltransferase / Nucleotide biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of thymidylate synthase 1/2 from Encephalitozoon cuniculi at 2.2 A resolution
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Staker, B.

履歴

登録	2009年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kgb.cif.gz	66.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kgb.ent.gz	47.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kgb_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kgb_full_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示
XML形式データ	3kgb_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	3kgb_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/3kgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2tsrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lma-1 2acl-1 4pzf-4 2wdd-d 6kvi-d 2bgg-2 5n9x-2 6su7-3 6jem-3 5nx5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EncuA.01191.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase 1/2

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase 1/2

ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase 1/2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.630, 72.280, 61.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-331- HOH

#1: タンパク質	Thymidylate synthase 1/2 / TS 1/2 / TSase 1/2 分子量: 33154.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) 株: GB-M1 / 遺伝子: TS-1, ECU01_0180, TS-2, ECU01_1430 / プラスミド: pET28-HISSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O62584, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: MOLECULAR DIMENSIONS PACT SCREEN CONDITION A10: 200mM MgCl2, 100mM Na-ACETATE pH 5.0, 20% PEG 6000. ECNUA.01191.A AT 11mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 16818 / Num. obs: 16581 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 19.56
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1216 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2TSR

2tsr

解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 11.287 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	838	5.1 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
all	0.207	16581	-	-
obs	0.207	16581	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1968	0	1	130	2099

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.949	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.941	3	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.226	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.906	22.553	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.693	15	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.782	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.737	1.5	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.166	1.5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.398	2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.3	3	761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.557	4.5	736
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	52	-
R_work	0.227	1143	-
obs	-	-	98.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.3983 Å / Origin y: 25.832 Å / Origin z: -17.2291 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0777 Å²	-0.0132 Å²	0.0051 Å²	-	0.0785 Å²	0.0687 Å²	-	-	0.0787 Å²
L	3.1409 °²	0.2411 °²	-0.1753 °²	-	1.2669 °²	0.2916 °²	-	-	0.8234 °²
S	0.0739 Å °	-0.4237 Å °	-0.4511 Å °	0.1567 Å °	-0.0671 Å °	0.0541 Å °	0.097 Å °	-0.0349 Å °	-0.0068 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	300
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	295 - 425

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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