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- PDB-3kfb: Crystal structure of a group II chaperonin from Methanococcus mar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kfb
タイトルCrystal structure of a group II chaperonin from Methanococcus maripaludis
要素Chaperonin
キーワードCHAPERONE / double homo-octameric rings / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin-containing T-complex / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Thermosome, archaeal / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site ...GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Thermosome, archaeal / Chaperonins TCP-1 signature 1. / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chaperonin
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of a group II chaperonin reveal the open and closed states associated with the protein folding cycle.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Meyer, D. / Knee, K.M. / Goulet, D.R. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperonin
B: Chaperonin
C: Chaperonin
D: Chaperonin
E: Chaperonin
F: Chaperonin
G: Chaperonin
H: Chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,56624
ポリマ－466,3228
非ポリマー4,24416
水00
1
A: Chaperonin
B: Chaperonin
C: Chaperonin
D: Chaperonin
E: Chaperonin
F: Chaperonin
G: Chaperonin
H: Chaperonin
ヘテロ分子

A: Chaperonin
B: Chaperonin
C: Chaperonin
D: Chaperonin
E: Chaperonin
F: Chaperonin
G: Chaperonin
H: Chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)941,13248
ポリマ－932,64416
非ポリマー8,48832
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area123140 Å2
ΔGint-508 kcal/mol
Surface area279570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)260.694, 162.220, 184.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 135.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)A0
211chain 'B' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)B0
311chain 'C' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)C0
411chain 'D' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)D0
511chain 'E' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)E0
611chain 'F' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)F0
711chain 'G' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)G0
811chain 'H' and (resseq 11:519 ) and (not element H) and (not element D)H0

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要素

#1: タンパク質
Chaperonin / Chaperonin GroEL (Thermosome / HSP60 family)


分子量: 58290.262 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌)
遺伝子: hsp60, MMP1515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium fluoride and 20% PEG 3,350 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月5日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.84 Å / Num. all: 74731 / Num. obs: 74731 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.2→3.3144 Å / % possible all: 83.52

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_162)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→48.84 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 3760 5.03 %
Rwork0.2097 --
obs0.2112 74731 83.52 %
all-74731 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.403 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30560 0 256 0 30816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20141768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.21711880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0685072
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035376
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
12B3820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
13C3820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
14D3820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
15E3820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
16F3820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
17G3820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
18H3820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.31440.43971990.37523640X-RAY DIFFRACTION43
3.3144-3.4470.35282870.32955359X-RAY DIFFRACTION63
3.447-3.60390.31963640.29776547X-RAY DIFFRACTION78
3.6039-3.79380.29664070.25547336X-RAY DIFFRACTION87
3.7938-4.03140.27223930.2217449X-RAY DIFFRACTION87
4.0314-4.34250.24383940.18737851X-RAY DIFFRACTION92
4.3425-4.77910.19724120.16848117X-RAY DIFFRACTION96
4.7791-5.46990.18954140.15338143X-RAY DIFFRACTION95
5.4699-6.88840.22434110.18168058X-RAY DIFFRACTION94
6.8884-48.84720.1674790.16638471X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3076-0.71370.3331.77720.19450.8023-0.0455-0.30030.2130.05730.0994-0.16740.06580.1372-0.05750.1523-0.09270.00350.1332-0.04140.056925.3055-101.34784.7181
20.06170.20020.28992.73420.56260.9163-0.10340.31950.2439-0.185-0.00610.35520.0802-0.3930.00980.0528-0.02120.00010.21760.16340.13145.0026-85.797276.9588
30.0670.2501-0.47080.6902-0.72731.34680.10740.07510.02790.0743-0.23720.0602-0.0560.19020.04540.2051-0.0279-0.21220.41430.16220.23-1.6159-70.633748.1109
40.9835-0.07670.51512.0468-0.3391.015-0.0744-0.14020.23410.23490.1364-0.2538-0.0117-0.2327-0.04850.2199-0.05580.0270.2385-0.04470.24616.3689-61.385993.3823
50.5030.80170.14131.7549-0.2010.8029-0.0883-0.0750.2460.0282-0.26130.73510.1408-0.48710.08690.03590.199-0.0783-0.00080.13890.06045.5834-44.155376.0353
60.5798-0.2605-1.32860.77261.40543.53760.28060.14050.1389-0.14090.0485-0.1207-0.09350.0135-0.13560.396-0.0467-0.27540.30670.10820.28913.3959-44.489442.8569
70.67820.7969-0.25041.0094-0.74361.95170.0508-0.0435-0.14590.1128-0.2273-0.1874-0.1457-0.00140.1196-0.01150.00580.03780.0954-0.0840.173829.9337-24.081979.6462
81.4580.4690.6861.06640.44511.99470.41790.44780.0152-0.328-0.13390.0939-0.2640.5434-0.17560.31220.1623-0.05770.11180.00450.077626.8888-15.059354.6755
90.72460.66410.22671.53240.77390.21170.1345-0.13580.0007-0.11690.1144-0.2087-0.31990.0937-0.11370.3879-0.1033-0.19570.53170.02080.080320.1349-30.673126.0996
101.5932-0.4206-0.40550.24140.49211.83520.0098-0.0890.1411-0.2163-0.06670.1413-0.3310.22650.01660.3324-0.04290.1330.2440.01920.504758.2624-11.240251.5436
110.9017-0.233-0.29170.92130.25550.68730.00970.2423-0.0114-0.1990.27040.1354-0.2043-0.2055-0.05150.5949-0.17810.0320.4347-0.0360.395456.5577-16.08725.321
120.21110.43760.04063.39851.15140.2008-0.051-0.25940.1578-0.46070.1801-0.2255-0.1707-0.3414-0.09480.5535-0.2043-0.09860.60280.03080.195838.7201-38.12867.9259
130.7233-0.33540.31831.54430.88561.4437-0.0155-0.09040.02940.11910.07120.07110.19920.1874-0.0120.1020.01890.02970.130.07840.164384.5433-31.098925.5851
141.04210.21230.35850.4844-0.18280.8186-0.11020.282-0.0312-0.19260.26380.06830.2393-0.4179-0.06570.1552-0.1550.00710.17890.06140.065276.8603-46.65035.2533
150.73990.5993-0.48560.9693-0.43080.21180.1186-0.2834-0.09450.087-0.203-0.146-0.0543-0.0120.05830.2659-0.1197-0.18830.38530.01020.195848.0447-61.831-1.4626
161.08280.47640.09271.88130.04591.4084-0.07860.27410.04530.25990.1284-0.13070.31780.12960.01950.21730.06160.01510.22630.07330.210893.2171-71.065816.6958
170.7964-0.12250.58832.0386-0.95060.88950.17450.17250.0024-0.7121-0.06770.07640.18360.2486-0.15170.1913-0.0826-0.05050.1064-0.14120.086675.9076-88.29655.8476
182.6283-0.9687-0.45240.73270.03810.0793-0.24640.0815-0.13630.10210.08480.08670.1641-0.08460.14480.2692-0.075-0.23870.34040.0330.424742.7351-87.97013.5647
192.14160.6939-0.02121.2614-0.92690.71910.1079-0.0802-0.11340.1578-0.1625-0.0383-0.1161-0.07620.06710.24210.06440.07170.1576-0.01010.066179.4362-108.368130.2224
201.8203-0.88211.34791.0616-0.48970.9897-0.0027-0.5673-0.5161-0.29-0.05830.35080.1253-0.44360.09040.1009-0.0177-0.01910.0073-0.17150.213154.4767-117.3927.0994
210.3621-0.88830.15651.603-0.57030.5738-0.2194-0.0126-0.25520.11880.1090.23820.06180.2511-0.01830.1123-0.0654-0.21470.49020.14620.329325.9225-101.773920.2555
221.8503-0.4198-0.01820.57550.62271.56930.1131-0.1039-0.20860.0124-0.00330.29990.12440.1216-0.11850.529-0.00490.16920.23660.03620.272551.297-121.211558.5123
230.8027-0.72440.02371.52360.24711.2094-0.40760.1977-0.0323-0.00770.16160.3265-0.0305-0.04770.02730.40250.00560.11270.42480.18160.519425.0815-116.355756.7259
240.111-1.01830.05723.6627-0.87230.4681-0.07910.2861-0.17910.22440.0070.23130.04870.44670.10980.232-0.0027-0.07030.61170.21430.51337.7462-94.321138.8232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 7:141 or resid 400:519)A7 - 141
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 7:141 or resid 400:519)A400 - 519
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)A362 - 399
4X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)A142 - 210
5X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 211:361A211 - 361
6X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 7:141 or resid 400:519)B7 - 141
7X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 7:141 or resid 400:519)B400 - 519
8X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)B362 - 399
9X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)B142 - 210
10X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 211:361B211 - 361
11X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resid 7:141 or resid 400:519)C7 - 141
12X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resid 7:141 or resid 400:519)C400 - 519
13X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)C362 - 399
14X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)C142 - 210
15X-RAY DIFFRACTION9chain C and resid 211:361C211 - 361
16X-RAY DIFFRACTION10chain D and (resid 7:141 or resid 400:519)D7 - 141
17X-RAY DIFFRACTION10chain D and (resid 7:141 or resid 400:519)D400 - 519
18X-RAY DIFFRACTION11chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)D362 - 399
19X-RAY DIFFRACTION11chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)D142 - 210
20X-RAY DIFFRACTION12chain D and resid 211:361D211 - 361
21X-RAY DIFFRACTION13chain E and (resid 7:141 or resid 400:519)E7 - 141
22X-RAY DIFFRACTION13chain E and (resid 7:141 or resid 400:519)E400 - 519
23X-RAY DIFFRACTION14chain E and (resid 362:399 or resid 142:210)E362 - 399
24X-RAY DIFFRACTION14chain E and (resid 362:399 or resid 142:210)E142 - 210
25X-RAY DIFFRACTION15chain E and resid 211:361E211 - 361
26X-RAY DIFFRACTION16chain F and (resid 7:141 or resid 400:519)F7 - 141
27X-RAY DIFFRACTION16chain F and (resid 7:141 or resid 400:519)F400 - 519
28X-RAY DIFFRACTION17chain F and (resid 362:399 or resid 142:210)F362 - 399
29X-RAY DIFFRACTION17chain F and (resid 362:399 or resid 142:210)F142 - 210
30X-RAY DIFFRACTION18chain F and resid 211:361F211 - 361
31X-RAY DIFFRACTION19chain G and (resid 7:141 or resid 400:519)G7 - 141
32X-RAY DIFFRACTION19chain G and (resid 7:141 or resid 400:519)G400 - 519
33X-RAY DIFFRACTION20chain G and (resid 362:399 or resid 142:210)G362 - 399
34X-RAY DIFFRACTION20chain G and (resid 362:399 or resid 142:210)G142 - 210
35X-RAY DIFFRACTION21chain G and resid 211:361G211 - 361
36X-RAY DIFFRACTION22chain H and (resid 7:141 or resid 400:519)H7 - 141
37X-RAY DIFFRACTION22chain H and (resid 7:141 or resid 400:519)H400 - 519
38X-RAY DIFFRACTION23chain H and (resid 362:399 or resid 142:210)H362 - 399
39X-RAY DIFFRACTION23chain H and (resid 362:399 or resid 142:210)H142 - 210
40X-RAY DIFFRACTION24chain H and resid 211:361H211 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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