[日本語] English
万見
- PDB-3kdp: Crystal structure of the sodium-potassium pump -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kdp
タイトルCrystal structure of the sodium-potassium pump
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
キーワードHYDROLASE / alpha helical / heterotrimeric membrane protein complex / ATP-binding / Ion transport / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Potassium / Potassium transport / Sodium transport / Sodium/potassium transport / Transmembrane / Transport / Disulfide bond / Glycoprotein / Signal-anchor
機能・相同性
機能・相同性情報


Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex ...Basigin interactions / Ion homeostasis / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / regulation of monoatomic ion transport / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / membrane repolarization / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of calcium ion transmembrane transport / ion channel regulator activity / relaxation of cardiac muscle / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / organelle membrane / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / intracellular potassium ion homeostasis / ATPase activator activity / lateral plasma membrane / intercalated disc / sperm flagellum / transporter activator activity / ATP metabolic process / regulation of sodium ion transport / cardiac muscle contraction / T-tubule / proton transmembrane transport / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / melanosome / regulation of gene expression / ATPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / protein stabilization / apical plasma membrane / axon / innate immune response / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na, k-atpase alpha subunit. / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A ...Na, k-atpase alpha subunit. / : / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / : / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / RUBIDIUM ION / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / FXYD domain-containing ion transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Morth, J.P. / Pedersen, B.P. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the sodium-potassium pump.
著者: Morth, J.P. / Pedersen, B.P. / Toustrup-Jensen, M.S. / Sorensen, T.L. / Petersen, J. / Andersen, J.P. / Vilsen, B. / Nissen, P.
履歴
登録2009年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
H: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,29018
ポリマ－292,7546
非ポリマー1,53512
水00
1
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
G: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1459
ポリマ－146,3773
非ポリマー7686
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area58660 Å2
手法PISA
2
C: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
D: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
H: Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1459
ポリマ－146,3773
非ポリマー7686
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area58610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.930, 261.500, 334.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 19:80 or resseq 154:274 or resseq...
211chain C and (resseq 19:80 or resseq 154:274 or resseq...
112chain A and (resseq 383:591 )
212chain C and (resseq 383:591 )
113chain A and (resseq 766:1016 )
213chain C and (resseq 766:1016 )
114chain B and (resseq 18:303 )
214chain D and (resseq 18:303 )
115chain G and (resseq 23:49 )
215chain H and (resseq 23:49 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Sodium pump subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit


分子量: 110320.734 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA chain (UNP RESIDUES 24-1021) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: medula / 参照: UniProt: P05024, EC: 3.6.3.9
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 33104.902 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA chain (UNP RESIDUES 18-303) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: medula / 参照: UniProt: P05027

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 GH

#3: タンパク質・ペプチド Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a


分子量: 2951.573 Da / 分子数: 2 / 断片: GAMMA chain (UNP RESIDUES 23-49) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: medula / 参照: UniProt: Q58K79

-
非ポリマー , 4種, 12分子

#4: 化合物 ChemComp-MF4 / TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) / MAGNESIUMTETRAFLUORIDE


分子量: 100.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F4Mg
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-RB / RUBIDIUM ION / ルビジウムカチオン


分子量: 85.468 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細FOR THE CHAIN B AND D, THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (P05027, AT1B1_PIG) SHOWS CONFLICT AT THIS ...FOR THE CHAIN B AND D, THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (P05027, AT1B1_PIG) SHOWS CONFLICT AT THIS POSITION: F -> S (IN REF. 1: CAA27575)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.13 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 14% PEG 2000 MME, 0.2M CHOLINE CHLORIDE, 4% GLYCEROL, 4% MPD, 0.04M DTT, 0.1-04% BETA-DDM, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48 Å / Num. obs: 77431 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Rsym value: 0.258 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.5→38.858 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2862 1550 2 %Random
Rwork0.2422 ---
obs0.2431 77402 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.413 Å2 / ksol: 0.254 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.7422 Å20 Å20 Å2
2--14.918 Å20 Å2
3----22.6603 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→38.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20556 0 74 0 20630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43328534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7287858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0893214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073666
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2952X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C2952X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
21A1643X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C1643X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
31A2046X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C2046X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
41B2330X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42D2330X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.025
51G208X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52H208X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5003-3.61320.35031330.33436653X-RAY DIFFRACTION97
3.6132-3.74220.33881500.30586774X-RAY DIFFRACTION100
3.7422-3.89190.3181490.2916815X-RAY DIFFRACTION100
3.8919-4.06890.28981240.26016875X-RAY DIFFRACTION100
4.0689-4.28310.27121480.22676837X-RAY DIFFRACTION100
4.2831-4.55110.25011330.19846837X-RAY DIFFRACTION100
4.5511-4.90190.23331550.17886871X-RAY DIFFRACTION100
4.9019-5.3940.22541250.17956915X-RAY DIFFRACTION100
5.394-6.17190.261410.19966948X-RAY DIFFRACTION100
6.1719-7.76570.27921520.20777024X-RAY DIFFRACTION100
7.7657-38.860.26581400.22817303X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4106-0.7014-0.50532.480.98982.8283-0.1281-0.6707-0.20130.3261-0.0402-0.04640.4478-0.08640.34170.02870.0662-0.05680.1054-0.28580.6201-17.2876-24.130429.2308
23.83992.45741.45763.86433.16094.6369-0.83320.12350.3515-0.2737-0.13981.1119-0.3677-0.14830.89950.4839-0.0386-0.01720.4616-0.39190.8634-46.4385-27.33668.3618
32.0382.26161.49815.44230.43653.48670.7905-0.55560.23571.706-0.08360.13610.9152-1.47-0.14641.39570.38120.00861.0598-0.32980.7504-11.6078-24.146473.8578
41.8057-0.3397-0.77510.08760.1030.4128-0.1498-0.65190.18020.22880.1531-0.06870.00770.4015-1.29860.63320.60390.40470.3731-0.51160.9136-12.5838-10.208173.9284
50.1918-0.45590.16411.7731.13514.4999-0.227-0.0087-0.0078-0.2001-0.26510.2230.5612-1.00940.50590.33490.05430.24751.3343-0.69650.9303-26.0454-3.650881.0545
61.2298-0.26090.08892.397-1.47683.512-0.0765-0.46170.00290.110.0150.3497-0.5414-0.20870.04740.17610.1142-0.1140.31710.05610.5678-11.856-89.742234.817
74.33230.45950.57932.1569-2.61985.6845-0.38620.1506-0.49970.07480.0075-0.48040.04140.05860.34730.3729-0.12510.03240.1023-0.04540.557718.4375-91.131915.0653
82.41351.7639-2.38563.90930.27443.9277-0.4295-1.1121-0.03961.03210.2297-0.2624-0.50781.4009-0.1981.26160.44860.12791.352-0.01740.831-19.1852-86.028179.1043
91.155-1.5001-0.17142.02070.02773.55440.0258-0.8246-0.37210.1514-0.02730.5969-0.3059-0.0730.0580.59880.0542-0.16331.09220.23320.7188-19.5701-99.955880.316
101.4983-1.1287-1.19191.5171-0.50963.6616-0.332-0.13190.1239-0.1189-0.03510.049-0.59080.5890.2930.5840.0739-0.16411.60290.60760.8068-6.786-107.112388.3991
111.73230.07951.56740.7203-0.59629.5527-0.26321.7527-0.1825-0.43810.25630.64982.15291.61690.31742.6503-0.49620.4692.1044-0.00411.08411.1977-95.058391.2337
12-0.2985-0.1299-0.03581.49131.32070.8095-0.1082-1.033-0.24471.30870.3673-0.63860.38160.5570.07221.25090.03980.56352.1880.08690.4101-18.8135-99.8316122.9042
13-0.1277-0.5552-0.18730.682-0.16210.4334-0.1432-0.49440.15380.71030.16030.4589-0.0586-0.42730.03991.1424-0.1692-0.13512.0022-0.28880.5668-14.7845-7.0996116.3549
140.59880.48571.02140.85211.35012.331-0.36060.1753-0.9339-0.5176-1.06050.3412-4.8843-0.90661.34563.5419-0.2002-0.55822.5517-0.38252.1106-43.1413-16.975984.2671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)A19 - 80
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)A154 - 274
3X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)A344 - 382
4X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)A592 - 765
5X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)A2001 - 2002
6X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 383:591)A383 - 591
7X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 81:153 )A81 - 153
8X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 275:343 or resid 2003:2005)A275 - 343
9X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 275:343 or resid 2003:2005)A2003 - 2005
10X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resid 766:1016 or segid E)A0
11X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)C19 - 80
12X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)C154 - 274
13X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)C344 - 382
14X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)C592 - 765
15X-RAY DIFFRACTION6chain C and (resid 19:80 or resid 154:274 or resid 344:382 or resid 592:765 or resid 2001:2002)C2001 - 2002
16X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resid 383:591)C383 - 591
17X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resid 81:153 )C81 - 153
18X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resid 275:343 or resid 2003:2005)C275 - 343
19X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resid 275:343 or resid 2003:2005)C2003 - 2005
20X-RAY DIFFRACTION10chain C and (resid 766:1016 or segid F)C0
21X-RAY DIFFRACTION11chain HH23 - 49
22X-RAY DIFFRACTION12chain DD18 - 303
23X-RAY DIFFRACTION13chain BB18 - 303
24X-RAY DIFFRACTION14chain GG23 - 49

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る