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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kcx | ||||||
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タイトル | Factor inhibiting HIF-1 alpha in complex with Clioquinol | ||||||
![]() | Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / hypoxia / HIF-1 / FIH-1 / inhibitor / Dioxygenase / Iron / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | ![]() hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / Notch binding / oxygen sensor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moon, H. / Han, S. / Choe, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of human FIH-1 in complex with quinol family inhibitors 著者: Moon, H. / Han, S. / Park, H. / Choe, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 868.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 876.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39153.016 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 15-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 75分子 








#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CQL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.06 % / Mosaicity: 0.948 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 2% polyethyleneglycol 400, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 17839 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.285 / Net I/σ(I): 13.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 290.92 Å2 / Biso mean: 60.479 Å2 / Biso min: 24.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.601→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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