PDB-3kci: The third RLD domain of HERC2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kci

タイトル

The third RLD domain of HERC2

要素

Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

キーワード

LIGASE / WD40 / RCC1 / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Coiled coil / Metal-binding / Phosphoprotein / Ubl conjugation pathway / WD repeat / Zinc / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

SUMO binding / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of Notch signaling pathway / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / centriole / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / neuron differentiation ...
類似検索 - 分子機能

HERC2, APC10 domain / HERC2, zinc finger, ZZ-type / : / Beta-propeller repeat TECPR / Beta propeller repeats in Physarum polycephalum tectonins, Limulus lectin L-6 and animal hypothetical proteins. / Mib-herc2 / Mib/herc2 domain superfamily / Mib_herc2 / MIB/HERC2 domain profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Qiu, L. / Vesterberg, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Third RLD Domain of Herc2
著者: Walker, J.R. / Qiu, L. / Vesterberg, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2009年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3kci.ent.gz	106.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3kci_validation.pdf.gz	414.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kci_full_validation.pdf.gz	415.5 KB	表示
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CIF形式データ	3kci_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/3kci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/3kci	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1a12S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nc4-5 4dnw-2 4l1m-1 4naa-5 4d9s-2 4d4q-1 4l1m-3 6xzm-1 4dnv-5 4d9s-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (5) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.673, 52.673, 215.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 / HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 2 分子量: 41115.961 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 3951-4321, RCC1-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HERC2 SYNONYM: JDF2, KIAA0393, P528, SHEP1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: D15F37S1, DKFZP547P028, HERC2 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) 参照: UniProt: O95714, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2 / HECT domain and RCC1-like domain-containing protein 2

分子量: 41115.961 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 3951-4321, RCC1-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HERC2 SYNONYM: JDF2, KIAA0393, P528, SHEP1 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: D15F37S1, DKFZP547P028, HERC2 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)
参照: UniProt: O95714, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化	温度: 290.9 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG3350, 0.2mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.9K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月9日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 30769 / Num. obs: 30769 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 41.14
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.38 / Num. unique all: 2763 / R_sym value: 0.127 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A12

1a12

解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.722 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19499	1548	5 %	RANDOM
R_work	0.15163	-	-	-
all	0.15377	-	-	-
obs	0.15377	29137	98.56 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.695 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0.3 Å²	0 Å²
2-	-	0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2771	0	0	368	3139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.946	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.434	5	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.133	23.684	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.458	15	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.23	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.685	1.5	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.157	2	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.076	3	992
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.234	4.5	918

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	98	-
R_work	0.157	1882	-
obs	-	-	86.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6726	0.3539	0.1751	3.0333	0.7545	4.6606	-0.0839	-0.0021	-0.3914	0.0211	-0.0811	0.2449	0.3247	-0.4502	0.165	0.0456	-0.0793	0.04	0.1573	-0.0163	0.1682	7.278	26.3936	21.1538
2	1.7718	-2.3492	-0.0439	6.5691	-2.1986	7.6255	-0.1376	0.2543	-0.4087	0.3964	-0.0987	0.7574	0.327	-1.1586	0.2362	0.0275	-0.1211	0.0523	0.3542	-0.048	0.2326	1.3911	28.0515	22.1332
3	22.2295	-1.1524	4.5321	1.5735	2.3035	9.6876	-0.4673	-0.587	-0.9583	0.4715	0.1765	0.2732	0.5996	-0.089	0.2908	0.2086	-0.0419	0.1569	0.104	0.0779	0.2084	12.3326	20.3551	31.2509
4	1.8935	-0.2923	-0.2951	1.6757	0.0826	2.4488	-0.1542	-0.0555	-0.2715	0.1654	0.0168	0.1427	0.1959	-0.0652	0.1374	0.1147	-0.033	0.0507	0.1012	0.0308	0.1442	19.2456	23.5208	22.6158
5	3.2729	-1.4076	-0.123	1.4404	0.0202	3.7862	-0.1607	0.0633	-0.473	0.1294	-0.0535	0.1841	0.3795	-0.1947	0.2142	0.1512	-0.0695	0.0731	0.0284	-0.0221	0.1856	16.8486	16.1845	16.3505
6	3.5848	0.1444	-0.4351	7.8451	-0.9588	3.6929	-0.1375	-0.1729	-0.3509	-0.058	0.1129	0.0838	0.3824	0.0708	0.0246	0.1498	0.0541	0.048	0.0909	0.0602	0.1105	28.5918	17.6909	25.734
7	3.8092	-0.1042	-0.3901	7.1096	1.8216	1.9063	-0.006	-0.1622	0.1282	-0.1809	-0.1498	0.41	-0.1447	-0.2056	0.1558	0.0711	-0.0052	0.0075	0.1299	-0.0075	0.164	21.7679	29.0306	13.5093
8	1.273	0.3361	-0.5311	1.3601	0.3097	2.4101	-0.0669	-0.0362	-0.3046	0.0578	-0.0432	-0.0172	0.385	0.1125	0.11	0.1051	0.0412	0.0105	0.0794	0.0204	0.1459	31.8946	20.1297	13.2548
9	16.882	-12.01	-7.4682	16.9522	9.6559	13.1711	0.0364	0.0497	0.0429	0.3362	-0.02	-0.525	0.4107	0.3162	-0.0163	0.0911	0.0494	-0.0397	0.1413	0.0601	0.0751	40.9889	23.7486	22.8911
10	1.5894	0.2104	-0.9424	1.8145	-0.437	0.6176	-0.0015	-0.1415	-0.1674	0.1677	-0.0221	-0.1256	0.0143	0.2483	0.0235	0.0755	0.0217	-0.0307	0.166	-0.0031	0.109	35.1663	31.6512	17.9058
11	1.4525	-0.4144	-0.5586	2.1187	0.3197	2.6576	0.088	-0.0622	-0.0155	-0.0928	-0.0076	-0.187	0.0018	0.3482	-0.0803	0.0437	0.0131	0.0119	0.1601	-0.0022	0.1126	38.3601	35.0687	8.9449
12	1.1542	-0.0461	0.3419	0.7449	0.2218	2.9953	0.087	-0.0497	-0.0054	0.0089	0.012	-0.0668	0.0013	0.2723	-0.099	0.0772	-0.0087	-0.0041	0.1658	-0.0029	0.1192	32.7138	41.3942	17.952
13	1.3075	-1.4591	-0.7878	2.0827	1.1725	2.6977	0.2648	0.208	0.2013	-0.3356	-0.2019	-0.109	-0.3042	0.01	-0.0629	0.134	0.0049	0.0209	0.1253	0.0283	0.0957	28.1392	48.6102	7.5242
14	1.2154	-0.4866	-0.3752	0.7665	0.3193	1.433	0.0756	-0.0941	0.0969	0.0039	-0.0059	-0.088	-0.192	0.0497	-0.0698	0.0862	-0.0307	0.0049	0.1367	-0.0043	0.0963	27.2293	46.5749	21.137
15	3.1452	-1.012	0.1762	1.5723	-0.4218	2.7548	0.1258	0.3083	0.1063	-0.2045	0.0163	0.276	-0.2731	-0.3715	-0.1421	0.1045	0.0519	-0.0146	0.1628	0.013	0.1158	12.9876	48.689	12.742
16	1.2447	0.0897	-0.5262	1.7273	-0.8889	3.066	0.1521	-0.0668	0.2185	0.0613	-0.0593	0.055	-0.6217	-0.1618	-0.0928	0.1392	0.0146	0.0206	0.1182	-0.0007	0.1262	18.8354	53.2073	20.1912
17	1.4138	0.2518	0.0667	1.0883	0.9447	3.014	0.0434	-0.1526	-0.0271	0.0469	-0.052	-0.0315	-0.0749	-0.2119	0.0086	0.0617	-0.0117	0.0021	0.1692	0.0151	0.1139	15.5047	41.0318	27.7833
18	2.2317	0.5276	0.0813	1.3878	-0.3981	2.3361	-0.0383	0.1029	-0.0178	-0.047	-0.0439	0.1641	-0.0381	-0.3872	0.0822	0.0217	0.0061	-0.0144	0.204	-0.0075	0.0978	5.4591	40.0594	19.6068
19	3.2676	1.8988	-3.8939	7.0937	-8.349	15.0262	0.0918	-0.0887	0.2528	0.1558	0.223	0.6281	-0.4756	-0.4889	-0.3148	0.0881	0.0313	-0.0073	0.2532	-0.0083	0.1897	5.7941	45.4235	25.5608
20	2.0674	0.415	-1.7309	0.7996	0.233	3.1682	0.0671	-0.2158	-0.1615	0.2058	-0.0317	-0.0439	0.1981	-0.0965	-0.0354	0.0808	-0.0277	-0.0014	0.1549	0.0214	0.1176	12.0262	33.0642	30.3866

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3953 - 3967
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	3968 - 3978
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	3979 - 3987
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	3988 - 4005
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	4006 - 4033
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	4034 - 4042
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	4043 - 4050
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	4051 - 4088
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	4089 - 4094
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	4095 - 4113
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	4114 - 4143
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	4144 - 4171
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	4172 - 4186
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	4187 - 4221
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	4222 - 4235
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	4236 - 4248
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	4249 - 4269
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	4270 - 4289
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	4290 - 4297
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	4298 - 4318

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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