PDB-3kbq: The crystal structure of the protein CinA with unknown function f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kbq

タイトル

The crystal structure of the protein CinA with unknown function from Thermoplasma acidophilum

要素

Protein Ta0487

キーワード

structural genomics / unknown function / CinA / Protein Structure Initiative / MCSG / PSI-2 / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Putative competence-damage inducible protein, Archaea / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhang, R. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein CinA with unknown function from Thermoplasma acidophilum
著者: Zhang, R. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kbq.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kbq.ent.gz	57.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kbq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/3kbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/3kbq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4n6e-d 2a25-1 1kb2-d 6mak-d 1efa-2 6l93-3 6we3-d 3m3q-d 1g55-d 2wkp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6453.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein Ta0487

B: Protein Ta0487

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.596, 39.718, 55.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

This protein exists as dimer. The deposited MolA/MolB represent the dimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Protein Ta0487 分子量: 18552.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM1728 / 遺伝子: GI:10639657, Ta0487 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HKV6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 40% PEG600, 0.1M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月18日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 2→55.99 Å / Num. all: 21287 / Num. obs: 20972 / % possible obs: 98.52 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 23.5

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 1607 / % possible all: 97.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→55.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 8.649 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.173
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2413	1128	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20282	-	-	-
obs	0.20479	20972	98.52 %	-
all	-	21287	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→55.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2514	0	5	60	2579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.641	1.992	3457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.358	5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.403	24.737	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.712	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.399	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.941	1.5	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.723	2	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.952	3	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.777	4.5	804

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	77	-
R_work	0.224	1492	-
obs	-	1569	97.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 115.197 Å / Origin y: -3.298 Å / Origin z: 44.249 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0829 Å²	0.0113 Å²	0.0049 Å²	-	0.0213 Å²	-0.0135 Å²	-	-	0.0328 Å²
L	1.6167 °²	-0.4719 °²	0.2621 °²	-	0.702 °²	-0.1542 °²	-	-	0.9338 °²
S	-0.0459 Å °	-0.077 Å °	-0.0302 Å °	-0.0268 Å °	0.0599 Å °	-0.0312 Å °	-0.0231 Å °	0.0376 Å °	-0.0139 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	-2 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	51 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	101 - 166

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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