PDB-3kbh: Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kbh

タイトル

Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor

要素

Angiotensin-converting enzyme 2
Spike glycoprotein

キーワード

HYDROLASE / beta sandwich / Envelope protein / Fusion protein / Glycoprotein / Host-virus interaction / Membrane / Transmembrane / Virion / Virulence / Carboxypeptidase / Cell membrane / Chloride / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / regulation of transmembrane transporter activity / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / apical plasma membrane / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Human coronavirus NL63 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.31 Å

データ登録者

Wu, K. / Li, W. / Peng, G. / Li, F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of NL63 respiratory coronavirus receptor-binding domain complexed with its human receptor.
著者: Wu, K. / Li, W. / Peng, G. / Li, F.

履歴

登録	2009年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kbh.cif.gz	546 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kbh.ent.gz	450.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/3kbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/3kbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ajf
類似構造データ	1kwo-d 1s5g-d 11837 2ec6-d 2os8-d 2192 1kk7-d 6xxd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (8) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (8) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Angiotensin-converting enzyme 2

E: Spike glycoprotein

B: Angiotensin-converting enzyme 2

F: Spike glycoprotein

C: Angiotensin-converting enzyme 2

G: Spike glycoprotein

D: Angiotensin-converting enzyme 2

H: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

340 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Angiotensin-converting enzyme 2

E: Spike glycoprotein

C: Angiotensin-converting enzyme 2

G: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Angiotensin-converting enzyme 2

F: Spike glycoprotein

D: Angiotensin-converting enzyme 2

H: Spike glycoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.764, 77.764, 631.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	E
2	2	F
3	2	G
4	2	H

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

Angiotensin-converting enzyme 2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Metalloprotease ...

分子量: 69153.664 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 19-615 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, spike protein, UNQ868/PRO1885 / プラスミド: pFactbac I / 細胞株 (発現宿主): SF9 INSECT CELLS
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYF1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ

#2: タンパク質

Spike glycoprotein / S glycoprotein / Peplomer protein / E2

分子量: 15026.847 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 481-616 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human coronavirus NL63 (ウイルス)
遺伝子: 2, human angiotensin-converting enzyme 2, S / プラスミド: pFactbac I / 細胞株 (発現宿主): SF9 INSECT CELLS
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6Q1S2

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% PEG 6000, 100 mM Na citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.255 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.255 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 54947 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.135
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.687 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.31→49.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 98.663 / SU ML: 0.692 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.668 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29973	2800	5.1 %	RANDOM
R_work	0.26817	-	-	-
obs	0.26979	52522	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.31→49.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22800	0	224	0	23024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	23708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	1.94	32232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.398	5	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.128	24.728	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.385	15	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.116	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	18284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.278	1.5	14000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.559	2	22588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.393	3	9708
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.456	4.5	9644
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	4868	tight positional	0.04	0.05
1	1	B	4868	tight positional	0.04	0.05
1	1	C	4868	tight positional	0.04	0.05
1	1	D	4868	tight positional	0.04	0.05
2	2	E	888	tight positional	0.05	0.05
2	2	F	888	tight positional	0.05	0.05
2	2	G	888	tight positional	0.05	0.05
2	2	H	888	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	4868	tight thermal	0.06	0.5
1	1	B	4868	tight thermal	0.06	0.5
1	1	C	4868	tight thermal	0.06	0.5
1	1	D	4868	tight thermal	0.06	0.5
2	2	E	888	tight thermal	0.08	0.5
2	2	F	888	tight thermal	0.08	0.5
2	2	G	888	tight thermal	0.07	0.5
2	2	H	888	tight thermal	0.07	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.31→3.393 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	196	-
R_work	0.374	3831	-
obs	-	-	98.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8979	-1.1627	-1.4326	1.0603	0.279	6.8007	-0.6012	-0.2497	-0.0797	0.2647	0.3734	0.1388	0.4701	0.3351	0.2278	0.5249	-0.0517	0.0726	0.19	0.0862	0.3939	0.833	-2.796	75.06
2	2.0322	-0.6938	0.2013	0.7075	-0.0853	9.1752	-0.4412	-0.598	-0.2702	0.3246	0.4727	0.1088	0.1634	0.1104	-0.0315	0.3412	0.3546	0.1804	0.5622	0.1806	0.5439	-31.151	-40.476	118.141
3	1.0461	-0.5544	-0.0985	1.9825	0.2875	8.8844	0.4696	0.3495	0.0875	-0.4328	-0.3717	-0.2281	0.0824	0.1613	-0.0979	0.4542	0.3304	0.1535	0.4284	0.1537	0.5282	1.506	-7.766	143.18
4	1.049	-1.2144	0.3502	2.9883	-1.6257	7.119	0.4101	0.3624	0.1363	-0.2122	-0.6574	-0.1059	0.3681	0.5307	0.2472	0.238	-0.0017	0.0897	0.5429	0.0635	0.3932	-36.091	-39.838	186.272
5	6.5307	0.9652	-4.7116	2.6584	-0.2623	13.2945	0.2653	0.0712	-0.0987	-0.1418	-0.2151	-0.1197	-0.213	0.2175	-0.0502	0.1711	-0.0383	-0.1324	0.1197	0.1274	0.5105	23.042	0.727	32.559
6	10.7091	-3.6937	4.1509	3.1008	-1.4022	18.8402	0.0417	0.7482	-0.3434	-0.3994	-0.4853	0.3832	-0.3356	-2.8681	0.4436	0.1659	0.0788	0.0842	0.8016	-0.0909	0.6362	-51.634	-38.276	75.285
7	3.6942	-0.9505	-1.9423	4.1698	0.9445	18.1905	-0.1021	-0.2424	0.4475	0.4899	0.0306	-0.4685	-2.7921	-0.254	0.0715	0.8195	0.1127	-0.0385	0.1836	0.0366	0.6454	-0.549	12.774	186.021
8	2.8672	1.2241	0.9452	6.1293	-3.7524	12.7233	-0.2979	-0.331	-0.154	-0.1129	0.4778	-0.1052	0.1075	-0.2546	-0.1799	0.0993	0.0326	0.1176	0.2455	-0.1416	0.5164	-39.574	-61.984	228.841

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 614
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	800 - 801
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	19 - 614
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	800 - 801
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	19 - 614
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	800 - 801
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	19 - 614
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	800 - 801
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	482 - 602
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1486 - 1512
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	482 - 602
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1486 - 1512
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	482 - 602
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1486 - 1512
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	482 - 602
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1486 - 1512

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