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- PDB-3kba: Progesterone receptor bound to sulfonamide pyrrolidine partial agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kba
タイトルProgesterone receptor bound to sulfonamide pyrrolidine partial agonist
要素Progesterone receptor
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / paracrine signaling / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / G protein-coupled receptor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Progesterone receptor / Progesterone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Progesterone receptor / Progesterone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WOW / Progesterone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kallander, L.S. / Washburn, D.G. / Williams, S.P. / Madauss, K.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: Improving the developability profile of pyrrolidine progesterone receptor partial agonists.
著者: Kallander, L.S. / Washburn, D.G. / Hoang, T.H. / Frazee, J.S. / Stoy, P. / Johnson, L. / Lu, Q. / Hammond, M. / Barton, L.S. / Patterson, J.R. / Azzarano, L.M. / Nagilla, R. / Madauss, K.P. / ...著者: Kallander, L.S. / Washburn, D.G. / Hoang, T.H. / Frazee, J.S. / Stoy, P. / Johnson, L. / Lu, Q. / Hammond, M. / Barton, L.S. / Patterson, J.R. / Azzarano, L.M. / Nagilla, R. / Madauss, K.P. / Williams, S.P. / Stewart, E.L. / Duraiswami, C. / Grygielko, E.T. / Xu, X. / Laping, N.J. / Bray, J.D. / Thompson, S.K.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Progesterone receptor
B: Progesterone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4135
ポリマ－58,5092
非ポリマー9043
水7,656425
1
A: Progesterone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7543
ポリマ－29,2541
非ポリマー5002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Progesterone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6582
ポリマ－29,2541
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.394, 64.349, 70.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Progesterone receptor / PR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 3


分子量: 29254.365 Da / 分子数: 2 / 断片: Steroid-binding region: UNP residues 681-933 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGR, NR3C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06401
#2: 化合物 ChemComp-WOW / 2-chloro-4-{(2-methylbenzyl)[(3S)-1-(methylsulfonyl)pyrrolidin-3-yl]amino}benzonitrile


分子量: 403.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22ClN3O2S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 2mM Li2SO4, HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 39206 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.972.80.38733940.827184.9
1.97-2.053.10.32737620.823193.7
2.05-2.143.30.27538550.941196.1
2.14-2.253.40.20739230.945198.4
2.25-2.393.60.15540390.888199.5
2.39-2.583.80.12639930.852199.9
2.58-2.843.80.09640110.8721100
2.84-3.253.80.05940300.8741100
3.25-4.093.80.03740761.0391100
4.09-503.70.0341231.07199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.68 Å
Translation2.5 Å42.68 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
StructureStudioデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.251 / WRfactor Rwork: 0.201 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.749 / SU B: 13.851 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.25 / SU Rfree: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1752 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 34246 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.68 Å2 / Biso mean: 34.966 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.94 Å20 Å22.26 Å2
2---1.72 Å20 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3942 0 59 425 4426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8751.9985685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79536997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5995512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23824.172163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55915775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5251518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.22927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.22090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21913
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1040.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2420.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2741.52667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.041.51006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.44624111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.64831820
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0224.51573
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 124 -
Rwork0.29 2291 -
all-2415 -
obs--94.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41720.28660.12872.1712-0.05251.5162-0.05450.1189-0.1114-0.16730.0784-0.09210.10630.1167-0.024-0.0852-0.00650.0613-0.1831-0.0159-0.17224.0416-10.166433.7068
20.99570.1795-0.52841.84680.39171.56550.05-0.02810.07570.0315-0.02350.0287-0.00740.0991-0.0265-0.14680.00070.0052-0.12940.0084-0.181117.2499.88571.884
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 999
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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