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- PDB-3kb8: 2.09 Angstrom resolution structure of a hypoxanthine-guanine phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kb8
タイトル2.09 Angstrom resolution structure of a hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (hpt-1) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' in complex with GMP
要素Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase / Structural Genomics / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Glycosyltransferase / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.09 Angstrom resolution structure of a hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (hpt-1) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' in complex with GMP
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,03025
ポリマ－91,9014
非ポリマー3,12921
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16500 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area30510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.220, 80.477, 120.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCD

#1: タンパク質
Hypoxanthine phosphoribosyltransferase


分子量: 22975.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 株: 'Ames Ancestor' / 遺伝子: BAA_0076, hpt, hpt-1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C3P9L0, UniProt: B9ZW32*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 271分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: The Classics II Suite, condition B6, mixed at 1:1 v/v ratio with the protein at 7.4 mg/mL in 0.5 M NaCl, 5 mM BME, 1 mM GMP, 1 mM MgCl2, 10 mM Tris/HCl pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月22日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. all: 56550 / Num. obs: 56550 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.61
反射 シェル解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 2964 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H83

3h83


解像度: 2.09→30.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 9.431 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 2830 5 %RANDOM
Rwork0.20385 ---
obs0.20582 53702 93.92 %-
all-53702 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.226 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-2.59 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→30.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5921 0 190 253 6364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6962.0348579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.889310311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.235756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.8625.08250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.261151138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.4321520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0321.53755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3061.51533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80426108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.94432561
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3594.52471
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 207 -
Rwork0.224 4184 -
obs-4184 98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7036-0.33830.07480.99590.17730.26160.03160.01860.0553-0.04490.0495-0.20630.00690.184-0.08110.11590.00430.00530.1463-0.01410.175659.31073.774849.8421
20.84590.328-0.2261.23320.19882.29440.00180.04290.0380.0227-0.00060.0689-0.00020.0116-0.00120.02690.00360.00650.00370.00720.096434.8637.706548.4366
30.76150.05440.30480.56880.12422.23410.01310.04710.007-0.07270.04170.0177-0.1899-0.0146-0.05480.03750.00280.01020.00730.00590.076435.507314.828341.2921
41.70390.72250.17742.2831.3981.97390.11520.00710.1255-0.2005-0.0227-0.1707-0.36420.2703-0.09250.0817-0.05390.04040.07880.00140.145555.291210.453451.5219
53.9289-1.70051.81771.7345-0.55071.45720.052-0.19340.0415-0.0021-0.00970.18020.02-0.1457-0.04230.0733-0.01230.03110.05210.01960.111926.6368-5.310257.029
60.38020.2559-0.17720.8498-0.57021.5890.01990.0931-0.1116-0.06360.0132-0.04130.02740.0027-0.03320.05110.00990.01850.0284-0.02120.105347.019-7.936846.632
70.6937-0.0968-0.48280.388-0.53562.77310.00260.0736-0.0843-0.0710.00530.06160.271-0.0789-0.00780.066-0.002-00.0085-0.00640.087345.075-15.229141.6181
83.49150.0656-0.80161.8854-0.40962.07920.1470.1053-0.2783-0.1858-0.02850.31260.2135-0.2272-0.11850.0591-0.0138-0.03060.02860.00680.150925.2219-8.944150.9315
93.66583.26660.14149.39722.35342.0341-0.06750.3360.1019-0.61290.0523-0.3101-0.17960.14320.01520.1818-0.02680.03820.19520.07130.050254.73458.3338-2.1911
101.74610.3447-0.15871.88950.65991.6466-0.0470.1603-0.1161-0.1218-0.05670.02660.06980.03330.10370.10540.00430.00250.1222-0.02830.058542.1909-10.31154.8974
110.5385-0.063-0.23880.6538-0.26162.1128-0.02370.1112-0.0545-0.07710.0156-0.080.11180.26290.00810.09170.02060.02350.1125-0.02070.086851.8076-9.844617.3136
121.84550.2625-1.69451.1067-0.18111.7784-0.073-0.06010.01920.08090.012-0.16940.03890.24730.0610.1166-0.0311-0.00440.17630.05650.099355.95469.06687.0986
132.2372.7990.36816.72540.28130.5905-0.17340.32410.0173-0.50490.10290.14580.0202-0.0050.07040.1529-0.0145-0.01870.1969-0.01450.029330.33691.3082-2.0618
140.4095-0.25990.07290.5569-0.04112.2132-0.0030.13330.0173-0.0881-0.04750.0149-0.0383-0.07280.05050.0917-0.008-0.00390.11150.01190.089737.97138.228312.2856
150.3451-0.33270.26980.66770.23752.320.03150.04280.0005-0.05260.00150.0656-0.1073-0.2299-0.0330.08440.0136-0.01440.10070.01530.078830.496511.519418.6407
160.71270.4940.11691.74570.64580.4988-0.01540.0411-0.02630.0192-0.04930.2972-0.0319-0.18090.06470.1414-0.0051-0.00150.1893-0.02370.112524.689-2.79436.8494
170.20640.071-1.44410.0879-0.618510.3399-0.0986-0.1343-0.0711-0.0911-0.10990.13230.84911.10250.20850.2740.0463-0.06730.3556-0.11950.422449.305915.113545.1082
1810.34473.0962.85144.90471.69960.96630.00010.3352-0.2193-0.5974-0.06590.3888-0.13560.0570.06580.2316-0.0013-0.06220.13370.05740.168532.7177-14.846344.6592
1911.436-10.43046.750824.68340.9847.34780.1498-0.3282-0.14170.5692-0.18820.39780.4124-0.41150.03840.1175-0.09640.07690.1576-0.03390.099835.06819.826659.7657
2014.1784-5.473414.667231.584921.952741.04850.4283-0.203-0.15990.0824-1.92681.93040.7917-2.00191.49850.22470.07370.03530.3889-0.0430.343819.90777.5153-2.5218
211.03522.08044.91214.19699.905123.37880.27550.0071-0.10560.35430.0336-0.16850.849-0.0973-0.3090.30380.04680.04240.358-0.08490.605860.71-6.8594-2.886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-23 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3A79 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4A148 - 179
5X-RAY DIFFRACTION5B-8 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6B22 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7B79 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8B152 - 180
9X-RAY DIFFRACTION9C0 - 16
10X-RAY DIFFRACTION10C17 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11C62 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12C151 - 179
13X-RAY DIFFRACTION13D0 - 30
14X-RAY DIFFRACTION14D31 - 74
15X-RAY DIFFRACTION15D75 - 137
16X-RAY DIFFRACTION16D138 - 179
17X-RAY DIFFRACTION17A266
18X-RAY DIFFRACTION18B267
19X-RAY DIFFRACTION19A268
20X-RAY DIFFRACTION20D270
21X-RAY DIFFRACTION21C271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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