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Yorodumi- PDB-3hvu: 1.95 Angstrom Crystal Structure of Complex of Hypoxanthine-Guanin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hvu | ||||||
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Title | 1.95 Angstrom Crystal Structure of Complex of Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase from Bacillus anthracis with 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) | ||||||
Components | Hypoxanthine phosphoribosyltransferaseHypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Hypoxanthine-guanine Phosphoribosyltransferase / 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) / idp01892 / Glycosyltransferase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: 1.95 Angstrom Crystal Structure of Complex of Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase from Bacillus anthracis with 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) Authors: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hvu.cif.gz | 174.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hvu.ent.gz | 139.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hvu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3h83S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22975.322 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' (bacteria) Strain: Ames Ancestor / Gene: BAS0063, BA_0063, hpt-1 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-DE3 / References: UniProt: Q81VX6, UniProt: B9ZW32*PLUS #2: Chemical | ChemComp-MES / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: protein: 7mg/mL, 0.25M NaCl, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; screen: PACT D3, 0.1M MMT buffer pH 6.0, 25% v/v PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 29, 2009 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→30 Å / Num. all: 65972 / Num. obs: 65972 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3069 / % possible all: 92.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3H83 Resolution: 1.95→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 9.294 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: Individual Isotropic Temperature Factors were Refined Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.151 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.879 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→29.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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