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Yorodumi- PDB-4rhu: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis 6-oxopurine phos... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4rhu | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis 6-oxopurine phosphoribosyltransferase which is a potential target for drug development against this disease | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Hpt | ||||||
Keywords | transferase/transferase inhibitor / 6-oxopurine phosphoribosyltransferase / purine salvage pathway / hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / acyclic nucleoside phosphonate inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationIMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / GMP biosynthetic process ...IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / GMP biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.573 Å | ||||||
Authors | Eng, W.S. / Hockova, D. / Spacek, P. / West, N.P. / Woods, K. / Naesens, L.M.J. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2015Title: First Crystal Structures of Mycobacterium tuberculosis 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferase: Complexes with GMP and Pyrophosphate and with Acyclic Nucleoside Phosphonates Whose Prodrugs Have ...Title: First Crystal Structures of Mycobacterium tuberculosis 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferase: Complexes with GMP and Pyrophosphate and with Acyclic Nucleoside Phosphonates Whose Prodrugs Have Antituberculosis Activity. Authors: Eng, W.S. / Hockova, D. / Spacek, P. / Janeba, Z. / West, N.P. / Woods, K. / Naesens, L.M. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4rhu.cif.gz | 432.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4rhu.ent.gz | 358.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4rhu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4rhu_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4rhu_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 4rhu_validation.xml.gz | 41.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 4rhu_validation.cif.gz | 52.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhu | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4rhtC ![]() 4rhxSC ![]() 4rhyC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 22140.918 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-45T / {[( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.37 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.1 M potassium sodium tartrate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 0.7 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95369 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2014 |
| Radiation | Monochromator: None / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.57→47.35 Å / Num. all: 53699 / Num. obs: 53590 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
| Reflection shell | Resolution: 2.57→2.65 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 98.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4RHX Resolution: 2.573→47.346 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.38 / Phase error: 31.71 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.573→47.346 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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