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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kny | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with (3-((3R,4R)-3-(Guanin-9-yl)-4-((S)-2-hydroxy-2-phosphonoethoxy)pyrrolidin-1-yl)-3-oxopropyl)phosphonic acid | ||||||
![]() | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/INHIBITOR / Phosphoribosyltransferase / Inhibitor / Complex / pyrrolidne nucleoside phosphonate / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / GMP biosynthetic process ...IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / GMP biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eng, W.S. / Rejman, D. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with pyrrolidine nucleoside phosphonate 著者: Eng, W.S. / Rejman, D. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 295.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 241.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22969.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: hpt, hprT, Rv3624c, MTCY15C10.28 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WHQ9, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-YPG / [ #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5 and 30% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.91→44.77 Å / Num. obs: 15646 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.91→3.09 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.91→44.77 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.22
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 136.95 Å2 / Biso mean: 53.2634 Å2 / Biso min: 12.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.91→44.77 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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