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- PDB-3k92: Crystal structure of a E93K mutant of the majour Bacillus subtili... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k92
タイトルCrystal structure of a E93K mutant of the majour Bacillus subtilis glutamate dehydrogenase RocG
要素NAD-specific glutamate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / RocG / glutamate dehydrogenase / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1210 / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1210 / Glutamate dehydrogenase / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Catabolic NAD-specific glutamate dehydrogenase RocG
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gunka, K. / Newman, J.A. / Commichau, F.M. / Herzberg, C. / Rodrigues, C. / Hewitt, L. / Lewis, R.J. / Stulke, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Functional dissection of a trigger enzyme: mutations of the bacillus subtilis glutamate dehydrogenase RocG that affect differentially its catalytic activity and regulatory properties
著者: Gunka, K. / Newman, J.A. / Commichau, F.M. / Herzberg, C. / Rodrigues, C. / Hewitt, L. / Lewis, R.J. / Stulke, J.
履歴
登録2009年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-specific glutamate dehydrogenase
B: NAD-specific glutamate dehydrogenase
C: NAD-specific glutamate dehydrogenase
D: NAD-specific glutamate dehydrogenase
E: NAD-specific glutamate dehydrogenase
F: NAD-specific glutamate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,67911
ポリマ－280,1486
非ポリマー5315
水14,844824
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19620 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area86530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.614, 143.072, 162.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NAD-specific glutamate dehydrogenase / NAD-GDH


分子量: 46691.383 Da / 分子数: 6 / 変異: E93K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39633, glutamate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 824 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 1 IN THE DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT P39633 (DHE2_BACSU). ...THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 1 IN THE DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT P39633 (DHE2_BACSU). A324R IS SEQUENCE CONFLICT OF DHE2_BACSU.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% Peg 3350, 20% glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 142264 / Num. obs: 142264 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→18.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.238 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.852 / SU B: 5.978 / SU ML: 0.147 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / SU Rfree: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 7159 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.185 141980 --
obs0.185 141980 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.86 Å2 / Biso mean: 52.894 Å2 / Biso min: 19.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→18.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18769 0 35 824 19628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02219145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8671.96525873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.112331998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75452424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.10824.235817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.629153362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.73715124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.22894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02121299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8911.512033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2311.54989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.655219374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.80537112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4254.56499
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 516 -
Rwork0.231 9754 -
all-10270 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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