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万見
- PDB-3k8c: Complex of Trypanosoma cruzi ribose 5-phosphate isomerase type B ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k8c
タイトルComplex of Trypanosoma cruzi ribose 5-phosphate isomerase type B with 4-deoxy-4-phospho-D-erythronohydroxamic acid
要素Ribose 5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / pentose phosphate pathway / Type B ribose 5-phosphate isomerase (RpiB) / 4PEH / 4-deoxy-4-phospho-D-erythronohydroxamic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribose 5-phosphate isomerase B / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB superfamily / Ribose/Galactose Isomerase / Ribose 5-phosphate Isomerase B; Chain: A, / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-PHOSPHO-D-ERYTHRONOHYDROXAMIC ACID / Ribose 5-phosphate isomerase / Ribose 5-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Naworyta, A. / Mowbray, S.L. / Stern, A.L.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Structures of type B ribose 5-phosphate isomerase from Trypanosoma cruzi shed light on the determinants of sugar specificity in the structural family.
著者: Stern, A.L. / Naworyta, A. / Cazzulo, J.J. / Mowbray, S.L.
履歴
登録2009年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5814
ポリマ－39,1192
非ポリマー4622
水1,62190
1
A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Ribose 5-phosphate isomerase
B: Ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1628
ポリマ－78,2374
非ポリマー9244
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9340 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.387, 92.387, 94.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Ribose 5-phosphate isomerase


分子量: 19559.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: strain CL Brener / 遺伝子: 110984573 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: A1BTJ7, UniProt: Q4CQE2*PLUS, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-RES / 4-PHOSPHO-D-ERYTHRONOHYDROXAMIC ACID / 1-(ヒドロキシアミノ)-D-エリトロ-ス4-りん酸


分子量: 231.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10NO8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.2 M ammonium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→65.938 Å / Num. obs: 23175 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K7P

3k7p


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.474 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.579 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25336 1194 5.2 %RANDOM
Rwork0.21674 ---
obs0.21859 21960 95.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 28 90 2450
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3961.9523301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5625307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42922.252111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35315401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5111526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.21654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1421.51581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97622465
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3353951
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5244.5836
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 107 -
Rwork0.291 1556 -
obs--95.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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