PDB-3k7u: Structure of essential protein from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k7u

タイトル

Structure of essential protein from Trypanosoma brucei

要素

Antibody
MP18 RNA editing complex protein

キーワード

Immune System / RNA Binding Protein / RNA-editing / OB-fold / RNA-editing proteins / kinetoplastids

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / kinetoplast / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wu, M.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structures of a key interaction protein from the Trypanosoma brucei editosome in complex with single domain antibodies.
著者: Wu, M. / Park, Y.J. / Pardon, E. / Turley, S. / Hayhurst, A. / Deng, J. / Steyaert, J. / Hol, W.G.

履歴

登録	2009年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k7u.cif.gz	60.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k7u.ent.gz	44 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k7u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k7u_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k7u_full_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示
XML形式データ	3k7u_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	3k7u_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k7u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k80SC 3k81C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sie-d 6f58-d 1dee-2 6w00-d 4uix-d 4lhb-d 4a1h-d 6wfw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody

C: MP18 RNA editing complex protein

30.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Antibody

C: MP18 RNA editing complex protein

A: Antibody

C: MP18 RNA editing complex protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.362, 50.359, 44.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	Antibody 分子量: 14037.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	MP18 RNA editing complex protein 分子量: 16119.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.2090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38B90
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG2000, 0.1 M Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15229 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.4 Å² / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 30.6
反射シェル	解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 15229 / R_sym value: 0.504 / % possible all: 76.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0095	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3K80

3k80

解像度: 2.1→29.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 13.041 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26459	752	5 %	RANDOM
R_work	0.20219	-	-	-
obs	0.20538	14154	98.62 %	-
all	-	14154	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.722 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1668	0	0	70	1738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	1.929	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1	3	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.892	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.048	24.024	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.406	15	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.746	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.107	1.5	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.279	1.5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.965	2	1729
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.729	3	642
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.152	4.5	602

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	52	-
R_work	0.26	1023	-
obs	-	-	97.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9653	-0.2031	0.1239	2.4545	0.2053	2.253	0.0705	-0.0321	-0.0488	0.2251	0.074	-0.2377	0.0662	0.241	-0.1445	0.2963	0.013	0.0411	0.3002	0.0335	0.3058	21.9075	-47.5693	8.3052
2	2.4967	-0.1305	-0.2983	3.3259	1.1907	2.4682	-0.0067	-0.0346	0.0251	0.1405	0.0158	-0.0127	0.1667	0.0208	-0.009	0.21	0.0004	-0.01	0.2185	0.0417	0.2453	25.9768	-41.0861	2.9623
3	7.6884	-1.4155	-5.292	9.0989	0.6825	3.8397	0.0367	-0.0926	-0.2068	0.103	-0.0379	-0.0379	0.1538	0.0295	0.0012	0.278	-0.008	-0.0213	0.236	0.0142	0.2753	31.1757	-43.035	-6.0552
4	2.8878	-0.5459	-1.0163	3.4675	0.8402	1.0138	0.0099	-0.0833	0.074	0.0803	-0.0042	0.0132	-0.0418	-0.0163	-0.0057	0.1526	-0.0038	-0.0034	0.1567	0.0132	0.1815	19.5581	-33.1213	3.9473
5	2.5681	0.156	-0.3504	2.3961	0.2164	2.532	0.0073	-0.0087	-0.0086	0.023	-0.0086	0.0052	0.0928	-0.0959	0.0013	0.1875	0.0072	0.0055	0.1798	0.0109	0.2461	15.6873	-39.2912	3.5769
6	3.2253	-0.4195	-0.3499	2.6496	0.3115	1.9333	0.0066	0.0043	0.0703	0.0142	-0.074	0.0927	-0.0511	-0.2033	0.0674	0.226	-0.0116	0.0091	0.1945	0.0344	0.2861	18.08	-46.1096	1.7935
7	2.9432	-0.6795	-0.7294	3.3639	-1.5087	2.3895	0.0233	-0.2427	0.1457	0.2664	-0.0085	-0.0868	-0.1329	0.0729	-0.0148	0.1964	-0.001	-0.0043	0.2131	-0.0035	0.1978	30.0308	-34.5801	4.5625
8	2.2625	2.1413	0.3034	6.0279	1.5728	0.9775	0.0829	-0.0708	-0.1489	0.158	-0.0382	-0.1361	0.1371	-0.071	-0.0446	0.2162	0.0172	0.0243	0.2401	0.016	0.2167	27.9294	-46.2128	3.8932
9	2.4474	-0.4968	-0.029	1.8309	0.87	1.7274	0.092	-0.1785	0.0524	0.0724	-0.0999	-0.1502	-0.2256	0.2296	0.0078	0.2232	0.024	-0.0278	0.2019	0.0092	0.1846	9.0772	-21.3104	-0.4151
10	1.9483	-0.6945	-2.9044	0.5479	1.2292	5.156	0.0976	-0.212	0.267	0.1959	0.0016	0.2213	-0.3215	-0.2311	-0.0992	0.5155	0.017	0.042	0.5151	-0.0369	0.5419	13.4544	-10.9691	14.5528
11	3.5384	0.7463	1.8821	4.3392	2.0261	8.2069	-0.1241	-0.0634	0.1237	-0.1673	-0.0942	0.1988	-0.1854	-0.3831	0.2183	0.1701	0.0078	0.0484	0.1755	0.0239	0.2472	10.1534	-18.4615	-4.0218
12	4.1749	-1.0771	2.1377	2.2356	-0.9979	3.208	-0.0414	-0.0671	0.1104	0.0747	0.0042	-0.0408	-0.1055	0.035	0.0373	0.1644	-0.0202	0.0196	0.1265	-0.0101	0.1782	14.9875	-19.3439	4.6877
13	4.7185	-0.4854	-0.3896	4.0541	0.0116	3.2488	0.0791	-0.289	0.1583	0.1446	-0.0094	0.144	-0.2051	-0.0154	-0.0696	0.2196	-0.0135	-0.0553	0.1644	0.0015	0.1567	9.4386	-22.0069	1.5748
14	0.4605	0.0599	0.0229	0.0142	-0.0484	0.4328	0.015	-0.2808	0.5342	0.067	-0.0146	0.0785	-0.5636	-0.1165	-0.0004	0.7548	0.0451	0.0102	0.5822	-0.1133	0.7314	1.1917	-3.4837	8.3665
15	3.4088	-1.3666	-0.8044	3.8164	-0.184	4.4536	-0.1476	-0.2478	-0.027	0.363	0.1398	0.3559	-0.1128	-0.2685	0.0078	0.1622	-0.0533	-0.0241	0.2033	-0.0171	0.2058	8.2661	-22.5866	5.9872
16	3.1749	0.4669	-5.3007	0.7997	-1.0991	11.8106	0.231	0.4143	0.4979	-0.5025	0.0047	-0.4849	-0.774	0.6317	-0.2357	0.6799	-0.1186	0.2299	0.7277	0.1694	0.6895	24.7459	-31.1455	-10.3334

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	47 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	63 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	76 - 94
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	95 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	109 - 121
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	17 - 23
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	24 - 47
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	48 - 68
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	69 - 82
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	83 - 95
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	96 - 111
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	112 - 115

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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