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- PDB-3k7i: Crystal structure of the E131K mutant of the Indian Hedgehog N-te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k7i
タイトルCrystal structure of the E131K mutant of the Indian Hedgehog N-terminal signalling domain
要素Indian hedgehog protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha+beta sandwich / Autocatalytic cleavage / Cell membrane / Developmental protein / Disease mutation / Glycoprotein / Hydrolase / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Protease / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


vitelline membrane formation / negative regulation of eye pigmentation / camera-type eye photoreceptor cell fate commitment / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / embryonic skeletal joint development / Formation of lateral plate mesoderm / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np ...vitelline membrane formation / negative regulation of eye pigmentation / camera-type eye photoreceptor cell fate commitment / chondrocyte differentiation involved in endochondral bone morphogenesis / embryonic skeletal joint development / Formation of lateral plate mesoderm / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / Ligand-receptor interactions / proteoglycan metabolic process / negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / chondrocyte proliferation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / retinal pigment epithelium development / epithelial cell-cell adhesion / Activation of SMO / embryonic digestive tract morphogenesis / somite development / patched binding / smooth muscle tissue development / epithelial cell morphogenesis / self proteolysis / embryonic pattern specification / head morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell / intein-mediated protein splicing / positive regulation of smoothened signaling pathway / pancreas development / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of growth / cell fate specification / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / smoothened signaling pathway / embryonic digit morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / heart looping / protein autoprocessing / positive regulation of collagen biosynthetic process / neuron development / maternal process involved in female pregnancy / response to mechanical stimulus / cell maturation / bone resorption / extracellular matrix / skeletal system development / positive regulation of epithelial cell proliferation / liver regeneration / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / multicellular organism growth / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / response to estradiol / peptidase activity / regulation of gene expression / in utero embryonic development / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region ...Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Indian hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.438 Å
データ登録者He, Y.-X. / Kang, Y. / Zhang, W.J. / Yu, J. / Ma, G. / Zhou, C.-Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the E131K mutant of the Indian Hedgehog N-terminal signalling domain
著者: He, Y.-X. / Kang, Y. / Zhang, W.J. / Yu, J. / Ma, G. / Zhou, C.-Z.
履歴
登録2009年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Indian hedgehog protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4695
ポリマ－21,1161
非ポリマー3544
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.430, 53.190, 35.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-351-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Indian hedgehog protein / IHH / HHG-2


分子量: 21115.699 Da / 分子数: 1 / 断片: Indian hedgehog protein N-product / 変異: E131K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IHH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta / 参照: UniProt: Q14623
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 30% PEG 8000, 0.2M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.438→23.83 Å / Num. obs: 34957 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.438→1.51 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 4647 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VHH

1vhh


解像度: 1.438→21.653 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.915 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 15.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1785 3368 4.99 %RANDOM
Rwork0.1631 ---
obs0.1638 34957 94.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.956 Å2 / ksol: 0.428 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 44.92 Å2 / Biso mean: 15.4 Å2 / Biso min: 5.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.799 Å20 Å20.343 Å2
2--0.828 Å2-0 Å2
3----1.627 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.438→21.653 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 16 304 1580
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071349
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1591828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.326505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4382-1.45870.21531180.19132448X-RAY DIFFRACTION85
1.4587-1.48050.18131140.17842532X-RAY DIFFRACTION89
1.4805-1.50360.18751150.16732538X-RAY DIFFRACTION91
1.5036-1.52830.17751510.15632600X-RAY DIFFRACTION91
1.5283-1.55460.15621280.15182553X-RAY DIFFRACTION92
1.5546-1.58290.18721350.15182594X-RAY DIFFRACTION92
1.5829-1.61330.18591470.14372602X-RAY DIFFRACTION92
1.6133-1.64620.17061600.15282594X-RAY DIFFRACTION94
1.6462-1.6820.16631400.14542658X-RAY DIFFRACTION93
1.682-1.72110.17721510.14632622X-RAY DIFFRACTION94
1.7211-1.76420.17861330.14592672X-RAY DIFFRACTION94
1.7642-1.81180.14291260.15162670X-RAY DIFFRACTION95
1.8118-1.86510.17921270.14722722X-RAY DIFFRACTION96
1.8651-1.92530.16481450.14712680X-RAY DIFFRACTION96
1.9253-1.99410.20071400.15072728X-RAY DIFFRACTION96
1.9941-2.07380.15331370.1452752X-RAY DIFFRACTION97
2.0738-2.16810.15131860.13622639X-RAY DIFFRACTION97
2.1681-2.28230.15981380.14762793X-RAY DIFFRACTION98
2.2823-2.42510.19161490.15052746X-RAY DIFFRACTION98
2.4251-2.61210.16211840.16662758X-RAY DIFFRACTION99
2.6121-2.87440.181390.16182803X-RAY DIFFRACTION99
2.8744-3.28910.15781490.15512818X-RAY DIFFRACTION100
3.2891-4.13920.16541330.12862811X-RAY DIFFRACTION100
4.1392-21.65580.15581230.16052852X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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