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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k6b | |||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of the E2 domain of APL-1 from C. elegans, in complex with sucrose octasulfate (SOS) | |||||||||
要素 | Beta-amyloid-like protein | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION / X-ray crystal structure / amyloid precursor protein / heparin binding / Alternative splicing / Amyloid / Developmental protein / Differentiation / Glycoprotein / Membrane / Neurogenesis / Transmembrane | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ecdysis, collagen and cuticulin-based cuticle / G alpha (q) signalling events / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Platelet degranulation / ECM proteoglycans / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / body morphogenesis / nematode larval development / transition metal ion binding ...ecdysis, collagen and cuticulin-based cuticle / G alpha (q) signalling events / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Platelet degranulation / ECM proteoglycans / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / body morphogenesis / nematode larval development / transition metal ion binding / axonogenesis / central nervous system development / heparin binding / cytoplasmic vesicle / early endosome / neuron projection / neuronal cell body / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoopes, J.T. / Ha, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural characterization of the E2 domain of APL-1, a Caenorhabditis elegans homolog of human amyloid precursor protein, and its heparin binding site 著者: Hoopes, J.T. / Liu, X. / Xu, X. / Demeler, B. / Folta-Stogniew, E. / Li, C. / Ha, Y. #1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: The X-ray structure of an antiparallel dimer of the human amyloid precursor protein E2 domain. 著者: Wang, Y. / Ha, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k6b.cif.gz | 58.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k6b.ent.gz | 41.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3k6b_validation.pdf.gz | 828.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3k6b_full_validation.pdf.gz | 834.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3k6b_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3k6b_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/3k6b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28516.445 Da / 分子数: 1 / 断片: E2 Domain: UNP residues 240-478' / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: apl-1, C42D8.8 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q10651 |
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#2: 糖 | ChemComp-GU4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 15% Isopropanol, 0.1 M Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0809 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 9028 / 冗長度: 9.6 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.346 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3K66 解像度: 2.8→40 Å / σ(F): 2.6
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原子変位パラメータ | Biso mean: 84.5 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
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拘束条件 |
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