[日本語] English
万見
- PDB-3k4z: Crystal Structure of the Cellulosomal CBM4 from Clostridium therm... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k4z
タイトルCrystal Structure of the Cellulosomal CBM4 from Clostridium thermocellum Cellulase CbhA
要素Glycoside hydrolase family 9
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / cellulase / CbhA / Clostridium thermocellum / CBM4 / Ig-like / cellulosome / CBM
機能・相同性
機能・相同性情報


Galactose-binding domain-like / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / NICKEL (II) ION / OXALATE ION / 1-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / :
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum DSM 4150 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Alahuhta, P.M. / Xu, Q. / Himmel, M.E. / Lunin, V.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The unique binding mode of cellulosomal CBM4 from Clostridium thermocellum cellobiohydrolase A.
著者: Alahuhta, M. / Xu, Q. / Bomble, Y.J. / Brunecky, R. / Adney, W.S. / Ding, S.Y. / Himmel, M.E. / Lunin, V.V.
履歴
登録2009年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8907
ポリマ－33,0921
非ポリマー7986
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.578, 94.315, 113.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 9


分子量: 33091.934 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 28-307 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum DSM 4150 (バクテリア)
遺伝子: CtherDRAFT_1062 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B4BCE7

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-XGP / 1-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / 1-O-phosphono-beta-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Glcp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 275分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, Tris hydrochloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月18日
放射モノクロメーター: Helios mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 19168 / Num. obs: 19105 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.0991 / Net I/σ(I): 10.83
反射 シェル解像度: 2.11→2.21 Å / 冗長度: 2.84 % / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Num. unique all: 2461 / Rsym value: 0.4193 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MrBUMP位相決定
REFMAC5.5.0100精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1RQ5 and 1GU3

1rq5

1gu3


解像度: 2.11→25.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.485 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.33 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22447 978 5.1 %RANDOM
Rwork0.16075 ---
all0.16391 18089 --
obs0.16391 18089 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→25.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 48 271 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.9773312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9273.0013910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2185293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78724.737114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52615376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.35159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9491.51430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2961.5568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56422342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6993984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9134.5969
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.108→2.163 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 76 -
Rwork0.192 1300 -
obs-1376 98.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53820.4562-0.08530.6665-0.05520.428-0.02740.04740.0122-0.07490.0078-0.01520.00470.02480.01970.03290.0153-0.0020.0356-0.00550.041414.613.82544.053
20.11470.07180.10680.14820.01220.4494-0.01190.05640.0157-0.03070.0181-0.0298-0.00170.0896-0.00630.03490.0045-0.00050.03790.00230.037414.84317.79540.217
32.0668-0.6405-0.18092.08150.12351.81490.00550.01450.05810.0814-0.0368-0.1404-0.04170.10360.03130.0333-0.0073-0.01960.0466-0.00440.019815.6655.74816.539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3A218 - 281

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る