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万見
- PDB-3k4h: CRYSTAL STRUCTURE OF putative transcriptional regulator LacI from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k4h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF putative transcriptional regulator LacI from Bacillus cereus subsp. cytotoxis NVH 391-98
要素putative transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性Periplasmic binding protein-like domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / alpha-maltose / Putative transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Bacillus cytotoxicus NVH 391-98 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative transcriptional regulator LacI from Bacillus cereus subsp. cytotoxis NVH 391-98
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Morano, C. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative transcriptional regulator
B: putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9654
ポリマ－65,2802
非ポリマー6852
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area24520 Å2
手法PISA
2
A: putative transcriptional regulator
ヘテロ分子

B: putative transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9654
ポリマ－65,2802
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z+1/41
Buried area4150 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.607, 98.607, 186.749
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A-99999 - 99999
2111B-99999 - 99999
詳細authors state that the biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 putative transcriptional regulator


分子量: 32640.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cytotoxicus NVH 391-98 (バクテリア)
株: cytotoxis NVH 391-98 / 遺伝子: Bcer98_2711, Q2E7G6 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: D0VWZ8*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG8000, 0.1M MES, 0.2M Ca(OAc)2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 48261 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.9 % / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0089精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 21.107 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The maltose binding is only suggested based a) on the shape of electron density, b) the fact that other members of this group of proteins ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The maltose binding is only suggested based a) on the shape of electron density, b) the fact that other members of this group of proteins bind maltose or lactose, c) suggested inhibitor makes multiple favorable contacts in the binding site. Lactose does not fit the density, but we can not exclude that some other similar sugar is bound. PLEASE REMOVE "complexed with maltose" from the title, and just add remark that maltose binding is SUGGESTED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24388 1191 5.1 %RANDOM
Rwork0.20297 ---
obs0.20503 22103 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4347 0 46 24 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9866062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2715558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57424.922193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.30115779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8161520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0733.52781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.825504490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.287501694
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9684.51572
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2165 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.925
tight thermal8.8610
LS精密化 シェル解像度: 2.798→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 92 -
Rwork0.239 1501 -
obs--96.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07240.8480.12262.0199-0.04491.0338-0.01710.2599-0.0916-0.01940.1054-0.12580.00530.0385-0.08830.0182-0.00070.01790.0333-0.01320.042867.598813.2441107.6666
24.14470.6760.65542.16060.56691.79270.19060.18950.1803-0.08940.0503-0.1159-0.21730.2695-0.2410.0763-0.01950.05240.056-0.03750.062369.68075.865277.6464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 288
2X-RAY DIFFRACTION1A501
3X-RAY DIFFRACTION1A503 - 529
4X-RAY DIFFRACTION2B5 - 282
5X-RAY DIFFRACTION2B501
6X-RAY DIFFRACTION2B503 - 513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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