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- PDB-3k4g: Crystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-termi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k4g
タイトルCrystal structure of E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain
要素DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / BACTERIAL TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-directed RNA polymerase / Nucleotidyltransferase / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / transcription antitermination ...submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / cell motility / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily ...RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lara-Gonzalez, S. / Birktoft, J. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structure of the Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain.
著者: Lara-Gonzalez, S. / Birktoft, J.J. / Lawson, C.L.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月7日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
E: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,39112
ポリマ－78,2998
非ポリマー924
水5,711317
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8102
ポリマ－9,7871
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7871
ポリマ－9,7871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8102
ポリマ－9,7871
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7871
ポリマ－9,7871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8102
ポリマ－9,7871
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7871
ポリマ－9,7871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8102
ポリマ－9,7871
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7871
ポリマ－9,7871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.342, 67.612, 116.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and peptide backbone and (resseq 246:329 )A0
211chain B and peptide backbone and (resseq 246:328 )B0
311chain C and peptide backbone and (resseq 246:329 )C0
411chain D and peptide backbone and (resseq 246:328 )D0
511chain E and peptide backbone and (resseq 246:328 )E0
611chain F and peptide backbone and (resseq 246:329 )F0
711chain G and peptide backbone and (resseq 246:329 )G0
811chain H and peptide backbone and (resseq 246:328 )H0

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999695, -0.024045, 0.005662), (0.02459, -0.946749, 0.321032), (-0.002359, 0.321073, 0.947051)-25.8389, -14.9168, 2.45058
2given(0.999838, -0.009169, 0.015485), (-0.009145, -0.999957, -0.001595), (0.015499, 0.001453, -0.999879)-1.00297, -30.2293, -87.402397
3given(-0.999777, 0.018239, -0.010598), (0.020609, 0.951769, -0.306121), (0.004503, -0.306272, -0.951934)-24.486, -13.918, -89.968697
4given(0.999753, 0.022187, 0.000981), (-0.021352, 0.948133, 0.317157), (0.006107, -0.317099, 0.948373)-26.036501, 36.075298, -45.391602
5given(-0.999817, -0.014673, 0.012275), (0.014668, -0.999892, -0.000527), (0.012281, -0.000347, 0.999925)0.948905, -63.888199, -29.2673
6given(-0.999868, 0.002999, 0.015971), (0.002715, 0.999838, -0.017786), (-0.016021, -0.01774, -0.999714)0.268301, 33.334099, -59.1311
7given(0.999794, -0.019223, -0.006533), (-0.020296, -0.954222, -0.29841), (-0.000498, 0.298482, -0.954415)-26.7183, -65.684898, -43.167

-
要素

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / Transcriptase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 9787.382 Da / 分子数: 8 / 断片: Alpha C-terminal domain, residues 245-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3295, JW3257, pez, phs, rpoA, sez / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M hepes, 1.4M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月24日
放射モノクロメーター: Si (111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.437
反射解像度: 2.05→47.036 Å / Num. all: 50271 / Num. obs: 50235 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 26693 / Num. unique all: 7266 / Rsym value: 0.544 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.02 Å
Translation2.5 Å47.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LB2

1lb2


解像度: 2.05→47.023 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.38 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2000 3.98 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 50220 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.858 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 55.55 Å2 / Biso mean: 31.351 Å2 / Biso min: 16.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.023 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5216 0 4 317 5537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7757291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044866
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3052073
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.172
12B333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.172
13C337X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.116
14D333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.16
15E333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.166
16F335X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.104
17G337X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.111
18H331X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.146
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 96 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
2.05-2.1010.2491420.261337835203378
2.101-2.1580.2451430.242345435973454
2.158-2.2220.3081430.239339635393396
2.222-2.2930.2681380.232344635843446
2.293-2.3750.2981410.233339835393398
2.375-2.470.3031390.229343535743435
2.47-2.5830.2321430.228346336063463
2.583-2.7190.2821410.225345735983457
2.719-2.8890.2731410.214340835493408
2.889-3.1120.2521470.204343135783431
3.112-3.4240.2341440.184347136153471
3.424-3.9190.2551430.156343935823439
3.919-4.9340.1461450.133347036153470
4.934-29.1410.2271470.186355136983551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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