PDB-3k48: Crystal structure of APRIL bound to a peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k48

タイトル

Crystal structure of APRIL bound to a peptide

要素

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13
peptide

キーワード

CYTOKINE / TNFSF / Cleavage on pair of basic residues / Disulfide bond / Glycoprotein / Immune response / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of germinal center formation / lymphocyte homeostasis / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / tumor necrosis factor receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / regulation of immune response / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Hymowitz, S.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Multiple novel classes of APRIL-specific receptor-blocking peptides isolated by phage display.
著者: Gordon, N.C. / Lien, S. / Johnson, J. / Wallweber, H.J. / Tran, T. / Currell, B. / Mathieu, M. / Quan, C. / Starovasnik, M.A. / Hymowitz, S.G. / Kelley, R.F.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k48.cif.gz	99.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k48.ent.gz	78.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xu1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u5y-d 2yzj-d 4ivf-2 4nrs-1 3s9j-d 1dqi-d 3f98-2 3wux-d 6mge-d 4nrs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13

B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13

R: peptide

S: peptide

T: peptide

53.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.811, 84.771, 55.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.45, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	D
1	2	R
2	2	S
3	2	T

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	105 - 241	4 - 140
2	1	LYS	LYS	LEU	LEU	B	B	105 - 241	4 - 140
3	1	LYS	LYS	LEU	LEU	D	C	105 - 241	4 - 140
1	2	GLY	GLY	CYS	CYS	R	D	2 - 14	2 - 14
2	2	GLY	GLY	CYS	CYS	S	E	2 - 14	2 - 14
3	2	GLY	GLY	CYS	CYS	T	F	2 - 14	2 - 14

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13 / A proliferation-inducing ligand / APRIL 分子量: 15705.042 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 104-241 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: April, TNFSF 13, Tnfsf13 / プラスミド: pet-32A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) / 参照: UniProt: Q9D777
#2: タンパク質・ペプチド	peptide 分子量: 2031.253 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2ul drops of protein (5 mg/mg. at pH 9.7) was added to 2 uL of 4M formate. Crystals formed immediately, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 11453 / Num. obs: 11453 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 50 Å² / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1126 / R_sym value: 0.506 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Chain A from pdb 1xu1

1xu1

解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 38.59 / SU ML: 0.343 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2669	1143	10 %	thin shells
R_work	0.20548	-	-	-
obs	0.21169	10257	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.768 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	-1.52 Å²
2-	-	-2.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3613	0	0	0	3613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.939	5042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.953	3.004	6159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.842	5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.822	22	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.047	15	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.592	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.237	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.294	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.345	2.5	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.494	2.5	913
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.929	5	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.788	2.5	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.872	5	1397

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1839	medium positional	0.55	0.5
1	2	B	1839	medium positional	0.46	0.5
1	3	D	1839	medium positional	0.5	0.5
2	1	R	206	medium positional	0.17	0.5
2	2	S	206	medium positional	0.12	0.5
2	3	T	206	medium positional	0.14	0.5
1	1	A	1839	medium thermal	0.5	2
1	2	B	1839	medium thermal	0.48	2
1	3	D	1839	medium thermal	0.49	2
2	1	R	206	medium thermal	0.4	2
2	2	S	206	medium thermal	0.32	2
2	3	T	206	medium thermal	0.3	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.857 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.268	675	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	99.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3279	0.3538	-0.1148	2.4045	-0.6674	1.989	0.0115	-0.3394	0.0918	0.2594	-0.057	-0.1955	0.0837	0.016	0.0455	-0.0441	-0.0037	-0.0119	-0.0472	-0.0209	-0.063	27.6862	-1.2135	27.8663
2	2.0387	0.0241	-0.1921	1.317	-0.2486	3.54	-0.1897	0.0774	0.1646	-0.0636	0.0323	0.1283	-0.2446	-0.1471	0.1574	-0.0404	0.0253	-0.0356	-0.094	-0.0018	0.0359	15.0339	11.9639	13.742
3	2.9805	-0.4621	0.1383	1.797	0.1951	1.9557	0.0693	0.1088	-0.1169	-0.1622	-0.0297	0.1271	0.2157	0.0018	-0.0396	-0.003	0.0058	-0.0167	-0.0671	-0.0209	-0.0674	17.1933	-10.7016	9.7295
4	8.2526	-5.6808	3.7795	10.0223	6.0344	13.9338	-0.4529	-0.7111	-0.0011	0.7326	0.9038	-0.1129	0.7214	-1.059	-0.4509	-0.0304	0.018	-0.0214	-0.1019	0.0364	-0.1062	15.5525	-20.4236	25.4938
5	0.1495	0.9231	0.7158	5.6986	4.4188	3.4265	-0.4017	-0.7249	0.7333	0.9038	-0.1907	0.1056	0.1512	-0.5322	0.5924	0.0486	0.0321	-0.0209	-0.0421	-0.041	-0.002	18.238	10.8534	35.8997
6	2.034	-0.0395	1.0165	0.0008	-0.0197	0.508	0.3442	0.2276	0.068	-0.2962	-0.359	0.8871	-0.0751	-0.5774	0.0147	-0.0357	0.0153	-0.1029	0.1616	-0.005	0.1563	0.4359	4.3682	8.3889

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	105 - 241
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	105 - 241
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	105 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	4	R	1 - 16
5	X-RAY DIFFRACTION	5	S	2 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	T	2 - 14

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