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- PDB-3k43: Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k43
タイトルCrystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M pH 6.5
要素Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
キーワードprotein transport / sugar binding protein / transport / lysosome / mannose / receptor / sugar binding / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Glycosphingolipid catabolism / Lysosome Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein targeting to lysosome / Clathrin-mediated endocytosis / lysosomal transport / trans-Golgi network / endosome / protein domain specific binding ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Glycosphingolipid catabolism / Lysosome Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein targeting to lysosome / Clathrin-mediated endocytosis / lysosomal transport / trans-Golgi network / endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor / Mannose-6-phosphate receptor / Mannose-6-phosphate receptor / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / difference fourier / 解像度: 2 Å
データ登録者Olson, L.J. / Sun, G. / Bohnsack, R.N. / Peterson, F.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Intermonomer interactions are essential for lysosomal enzyme binding by the cation-dependent mannose 6-phosphate receptor.
著者: Olson, L.J. / Sun, G. / Bohnsack, R.N. / Peterson, F.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
B: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7489
ポリマ－34,8892
非ポリマー8597
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.978, 102.978, 99.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor / CD Man-6-P receptor / CD-MPR / 46 kDa mannose 6-phosphate receptor / MPR 46


分子量: 17444.611 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-182 / 変異: E19Q, K137M,N31Q, N57Q, N68Q, N87Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: M6PR / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): x-33 / 参照: UniProt: P11456
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 200分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.57 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 3M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.284
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35223 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.262 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.075.60.41334931.2191100
2.07-2.155.60.31835481.271100
2.15-2.255.60.2535031.2961100
2.25-2.375.70.19535091.3271100
2.37-2.525.70.15935531.3791100
2.52-2.715.70.11935051.3941100
2.71-2.995.80.08635301.409199.9
2.99-3.425.80.05635331.377199.9
3.42-4.315.90.0435171.032199.6
4.31-505.90.03535320.93197.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: difference fourier
開始モデル: PDB entry 3K42

3k42


解像度: 2→27.46 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 271
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 3278 9.3 %
Rwork0.165 --
obs-34481 98 %
溶媒の処理Bsol: 57.299 Å2
原子変位パラメータBiso max: 74.73 Å2 / Biso mean: 30.533 Å2 / Biso min: 12.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.104 Å20 Å20 Å2
2--0.104 Å20 Å2
3----0.209 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2259 0 52 195 2506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9272
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9542.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5imd.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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